首先，一般我们分析水稻的数据时候，选用的是MSU和RAPDB这两个数据库的genome和gtf文件，这里只介绍MSU的ID，RAPDB的同理。 水稻GO分析的网站很多（这里不...
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水稻GO和KEGG分析 -
GWAS理论 1-2 表型考察处理与标记开发和分型一、表型鉴定与记录的基本原则和原始数据处理 基因型分型基因型分型（英语：genotyping）是一个通过生物检定法检测某一个体的DNA序列，并对比参照其他个体的基因型或序列的...
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GWAS理论 1-1 全基因组关联分析基本概念和材料选择先把GWAS系列课程看一遍，后面再把不懂的东西再补充上来 一、概念和理论基础 全基因组关联分析定义 是对多个个体在全基因组范围的遗传变异（标记）多态性进行检测，获得基因型，进...
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GWAS理论 1-3 群体结构与亲缘关系评估一. 群体结构评估 1.群体结构 群体结构评估内容构建系统发育树群体结构分析PCA（主成分分析） a.系统发育树 一般 GWAS 都是种间的，用 NJ 法就可以，maga 就...
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Cytoscape构建网络图实操基础理论 网络图 网络图非常常见，不仅被用在生物信息学分析，在生活中也很常见，如民航航线图、食物链、基因调控网络都是网络图经典的例子。 网络图应用价值 直观形象的呈现数据关系...
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WGCNA（7）：重新绘制GS—MM散点图GS-MM散点图用于筛选hub gene，但是之前的图实在是有点丑，放在文章里好像有点拉胯，所以准备重新绘制。前期过程在专题（3）中已经介绍过了，这里只有后期优化。WGCNA...
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WGCNA关键模块和hub基因筛选
WGCNA的理论背景知识[https://www.jianshu.com/p/e102681ec979]WGCNA的详细分析流程[https://www.jianshu.co...
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关键基因和hub基因（生物网络角度）写在前面 简单来说，hub基因就是网络中节点连接的瓶颈基因，一个连接了很多节点的基因。这篇文章仍然来自几篇文章及自己平时的积累，主要阐述关键基因和hub基因。很多人误以为hu...
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WGCNA（6）：筛选 hub gene通过前期的分析，我们确定了感兴趣的module，但是module中又含有几十甚至上百的基因，下一步需要进一步筛选hub gene。 WGCNA（3）：基因模块与性状关联识别重...
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如何将WGCNA导出的基因共表达网络进行可视化（cytoscape软件的使用）WGCNA分析过程中，你可以得到edge和node的文件，里面有你某一个module里所有基因相互之间的connectivity的weight值，根据这些值你可以将它们之间的...
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WGCNA学习：WGCNA分析原理本教程根据PlantTech的WGCNA课程编写，课程还是不错的，所以将该课程给大家分享一下。 WGCNA笔记第一弹 WGCNA分析原理 WGCNA应用场景 WGCNA分析实...
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折腾了许久才复现出的WGCNA图-GSE106292你值得拥有
前些天老大布置了WGCNA的作业：下载GSE106292 数据集的 Excel表格如何读入R里面，做出作者文章中那样的图，但是分组很复杂，需要去文章中找细节内容，老大jimm...
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STEP6:WGCNA相关性分析因为样本数量比较可观，所以可以进行WGCNA分析。这里是并不需要选取所有的基因来做WGCNA分析，挑选的标准可以是top变异程度大的基因集合，或者显著差异表达的基因集合等等。...
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WGCNA分析，简单全面的最新教程本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。 WGC...
