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NMF数据分型的简单理解简介 NMF又称之为非负矩阵分解，可以理解为又一种降维聚类的方法，常常运用于单细胞分群，癌症RNA-seq数据分群等运用中，下图即是NMF分解的示意图： 其中：V矩阵是一个n...
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Seurat之细胞周期评分1. 细胞周期背景介绍 细胞周期(cell cycle)是指细胞从一次分裂完成开始到下一次分裂结束所经历的全过程，分为间期与分裂期两个阶段。在细胞周期过程中，细胞的遗传物质复...
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单细胞学习之细胞周期分析一、细胞周期鉴定 https://teachmephysiology.com/biochemistry/cell-growth-death/cell-cycle/[https...
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【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操作一文了解单细胞对象数据结构/数据格式，单细胞数据操作不迷茫。本文内容包括 单细胞seurat对象数据结构， 内容构成，对象的调用、操作，常见函数的应用等。 1. 单细胞seu...
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pandas教程：series和dataframe原文链接：blog.ouyangsihai.cn >> pandas教程：series和dataframe 起步 pandas是一种Python数据分析的利器，是一个开源的数...
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生物数据格式 - fastq格式 fastq格式是一种包含质量值的序列文件，一般用来存储原始测序文件，文件扩展名一般为fastq或fq，目前主流测序仪器都以fastq格式存储测序数据。fastq的序列格...
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常用生物信息学格式介绍(fasta、fastq、gff2、gtf(gff2.5)、gff3、bed、sam、bam、vcf)前言 在各个行业都是有行业标准的，这样才能统一规范而方便后面的分析，在生物信息学领域中主要是各种大量序列数据、注释数据等，这些都是有特定的格式去表示，下面列举几种常见的格式。...
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RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler进行GS...
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单细胞转录组||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial同系列文章： sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jianshu.com/p...
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R语言中dplyr包join函数之目前我看到过的最形象的教程所涉及的函数 Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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R语言画维恩图--VennDiagram数据展示的时候，我们经常会用到维恩图来展示各个数据集之间的重叠（交叉）关系。R语言中有很多程序包（package）可以做这个事情，包括limma, gplots, venne...
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TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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