前言 使用 pheatmap 已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。 受 pheatmap 包的启发，ComplexHeatmap 提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热...
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R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一) -
一些生物信息学用到的软件，工具，介绍用法安装以及以及应用的文章 🛠 测序组装使用的Spades、canu等等 🛠 序列比对比如blast、bowtie、diamond等 🛠 多序列比对比如mega、clustalW、matff等 🛠 序列格式转化的samtools、bedtools等等 🛠 可变剪接分析的rMATS、MISO 🛠 微卫星序列查找工具misa等 🛠 call peak的工具macs2 🛠 文献下载工具Sci-hub桌面版 🛠 进化树构建工具IQtree、ggtree等 🛠 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 🛠 寻找测序中的结构变异或者SNP序列GATK、bcftools等 🛠 宏基因组组装与分析的anvi'o、QIMME 🛠 测序质量评估的FastQC、BUSCO、QUAST 🛠 可视化工具比如IGV、3D Genome 🛠 测序数据下载工具SRA Toolkit、ascp等 🛠 数据可视化的工具circos 等等
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收集一些生物信息学的分析流程的文章。感谢这些简友整理的生信分析流程！ 如果简友投稿没有被我收入专题，可能是我没看到或者收入到其他针对性更强的专题中了。望见谅！ 🕛🕐🕑🕒🕓🕔🕕🕖🕗🕘🕙🕚 文章的收录是有顺序的，查看的时候请点击“最新收录”然后进行查看。 👣 全基因组测序(WGS)分析 👣 转录组分析RNA-seq的分析流程 👣 染色质免疫共沉淀技术ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 👣 单细胞scRNA-seq分析 👣 癌症的预后标志物查找 👣 系统发育演化进化树构建与分析 👣 群体遗传学分析 👣 全基因组关联分析(GWAS) 👣 基因家族的分析 👣 甲基化测序与分析 👣 KEGG/GO功能富集分析 👣 图形绘制具体细节的比如热图、曼哈顿图的绘制等 👣 python、perl、R的包的使用过程 👣 具体工具的使用，比如GATK的使用过程 👣 数据库的挖掘方法，比如TCGA数据库的使用 👣 另外就是整个文章走下来的流程 👣 👣 👣
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生信技能树：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公众号：优雅R 生物数据分析QA，技术文档与博客，需要你的参与。 ……………………………… 欢迎在简书创作和做笔记的生信学习者、爱好者以及相关编程人员加入本专题，贡献你的文字，无论是原创还是笔记，我们需要你，将本专题打造为生信知识宝库、交流平台。 内容可以是对生物信息学与算法知识相关资源的收集、整理，以及原创笔记： * R * Python * Perl * Linux 工具与编程 * 绘图 * 统计 * 计算生物学 * 各类算法 * 机器学习
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Pythoner的集中营, 收集关于Python的各种知识教程. 推荐文章和系列阅读: 1. Python 零基础入门资料整理（更新版） http://www.jianshu.com/p/9c02dade7e90 2. Python 零基础入门资料整理 http://www.jianshu.com/p/5eee782b8627 3. Python 从入门到高手系列视频教程 http://www.jianshu.com/p/93085280e4a4 4. Python学习网络资源整理 http://www.jianshu.com/p/fe0e5a515696 5. Python爬虫学习系列专题 http://www.jianshu.com/notebooks/255245/latest 6. Python Django博客开发专题 http://www.jianshu.com/notebooks/293635/latest PS: 另招Python热心管理员
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如果你是程序员，或者有一颗喜欢写程序的心，喜欢分享技术干货、项目经验、程序员日常囧事等等，欢迎投稿《程序员》专题。 专题主编：小彤花园 http://www.jianshu.com/users/4a4eb4feee62/ 【程序员】专题拒稿指北：http://www.jianshu.com/p/7c8b33b5f63b 投稿须知： 1.收录相关技术文章，但不限于技术，也可以是项目经验类的文章和程序员日常。 2.文章內不得有任何推广信息。包括但不限于公众号、微博、微信，更不得在通过投稿后再修改文章加入推广信息。你可以将这些推广以及个人信息放在个人主页介绍里。 3.字数极少，段落混乱，大段代码没有放到代码框的文章不收录 4.不相关的内容不收录，请确认文章内容和本专题相关 目前针对优质作者及爱好者，开设了官方程序员微信群，希望加入请发简信给主编小彤花园索取个人微信，主编会将你加入到【程序员】微信群，分享内容，收获知识。添加微信时备注昵称。
