@解螺旋的矿工 谢谢老师
从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第4节 构建WGS主流程这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读，对于有一定经验的老手来说，相信依然可以有...
老师，请问我在做Indel的 java -jar /path/to/GenomeAnalysisTK.jar -T VariantRecalibrator....时，出现了下面这种错误，意思是我只使用Mills数据位点做训练不够 应该扩大训练位点的数据量吗？ 还是我的本身的真实结果数据中变异含量太少了，不能使用GATK的VQSR，只能使用硬过滤？
##### ERROR MESSAGE: NaN LOD value assigned. Clustering with this few variants and these annotations is unsafe. Please consider raising the number of variants used to train the negative model (via --minNumBadVariants 5000, for example).
从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第4节 构建WGS主流程这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读，对于有一定经验的老手来说，相信依然可以有...
老师，还有在变异检测时使用dbsnp_138.vcf，4.0版本中并无强制要求有--dbsnp参数，请问这个vcf文件的对变异检测有什么作用影响吗？
从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第4节 构建WGS主流程这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读，对于有一定经验的老手来说，相信依然可以有...
请问老师，在质量分数重检测BQSR时,1000G_phasel.indels.hg19.vcf，Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg19.sites.vcf和dbsnp_138.hg19.vcf这三个文件的作用是什么呐，工具上说是排除已知的变异区域，但这与BQSR有什么关系吗?
从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第4节 构建WGS主流程这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读，对于有一定经验的老手来说，相信依然可以有...
@解螺旋的矿工 谢谢老师，直接用gatk上的参考序列和变异 集合，然后再下载任意的人类测序序列(比如SRR604760的PE测序)就可以做了，对啵
GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）前言 在前面的一系列WGS文章中，我讲述了很多基因数据分析的来龙去脉，虽然许多同学觉得很有帮助，但是却缺了一个重要的环节——没有提供实际可用的数据来实战完成具体的流程，不能得...
前言 在前面的一系列WGS文章中，我讲述了很多基因数据分析的来龙去脉，虽然许多同学觉得很有帮助，但是却缺了一个重要的环节——没有提供实际可用的数据来实战完成具体的流程，不能得...
老师，我从ncbi上下载了大概3G的homo_sapiens参考序列，然后下了SRR076610的pe序列，但其实我不知道SRR076610是什么测序序列，这样可做比对吗
GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）前言 在前面的一系列WGS文章中，我讲述了很多基因数据分析的来龙去脉，虽然许多同学觉得很有帮助，但是却缺了一个重要的环节——没有提供实际可用的数据来实战完成具体的流程，不能得...
就比如人的测序序列，您能举个例子吗
GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）前言 在前面的一系列WGS文章中，我讲述了很多基因数据分析的来龙去脉，虽然许多同学觉得很有帮助，但是却缺了一个重要的环节——没有提供实际可用的数据来实战完成具体的流程，不能得...
老师，我怎么才能知道物种的测序数据呀，比如您说的大肠杆菌的SRR测序序列
GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）前言 在前面的一系列WGS文章中，我讲述了很多基因数据分析的来龙去脉，虽然许多同学觉得很有帮助，但是却缺了一个重要的环节——没有提供实际可用的数据来实战完成具体的流程，不能得...
请问老师，我想做snv，但是不知道从哪里下载参考序列和tumor序列，您能给个建议吗，多谢了
生信笔记收藏汇总更新日期：2018/3/13 这里汇总一些生信分析和数据可视化相关的推文或笔记，为知笔记里存的东西太杂太乱，花了一天的时间初步整理了下。点击跳转的是为知笔记提供的链接，可能需...
这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读，对于有一定经验的老手来说，相信依然可以有...
