传统转录组的分析想必大家已经非常熟悉，无非是质控 -> 比对 -> 组装 ->定量 -> 差异分析 -> 差异表达基因功能富集分析这个套路。目前公司用的流程主要也有两个门派，...
发简信
IP属地：广东
-
【转录组学】如何进行一步到位的fastq到差异分析，kallisto拯救你(一) -
表观组学：call peak概念和MACS2算法原理，最简明清晰的call peak一文通在诸如：ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我们常常听到一个词Call Peak。Call Peak究竟是什么东西，得到的结果又...
-
生信实用工具：快速的多线程分割bam文件工具
前言 如果对较大的bam文件进行操作时，往往相当耗时，所以将一个很大的bam文件分割为几个较小的bam文件，在并行进行分析可以大大缩短所需要的时间。通常来说分割的方法是用ba...
-
文献分享：从原始数据开始一步一步分析ATAC-seq
最近在编写全新的ATAC-seq流程，看到一个非常好的文献《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq d...
-
生信笔记01：Locus tag转换为Entrez Gene ID
最近在做KEGG富集时遇到一个问题：phytozome上的数据采用的注释为Locus tag，但是kobas3.0并不支持这一类型，如此需要进行转换。如果是常见的模式物种还好...
-
非常实用，谢谢大佬分享。
【生信实用工具】通过GTF进行Ensembl gene ID、transcript ID和symbol等互换
在生信分析中常常需要对各类ID进行转换，常见的比如Ensembl的 gene_id "ENSG00000187634" ， transcript_id "ENST000003...
-
【生信实用工具】通过GTF进行Ensembl gene ID、transcript ID和symbol等互换
在生信分析中常常需要对各类ID进行转换，常见的比如Ensembl的 gene_id "ENSG00000187634" ， transcript_id "ENST000003...
