定义：在基因组序列信息已知的基础上，对已知基因和基因的结构进行比较，了解基因的功能，表达调控机制和物种进化过程（简单来说就是拿组装好的基因组做比对，挖掘物种特异信息） 研究内...
IP属地：河北
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比较基因组学的研究内容
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TBtools | 批量计算蛋白分子量、等电点、不稳定系数、脂溶指数和亲水指数写在前面 最近了解了一些与蛋白质分析相关的文稿，有TBtools老铁用户提供了不少参考资料和分析建议。早晨，他突然提起了，一些蛋白质理化性质分析相关指标的计算，鼓捣起来还是麻...
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NetworkAnalyst3.0：差异基因筛选，功能富集分析、基因网络构建等功能于一体的在线基因表达分析工具
hello大家好，小月亮又和大家见面了。上篇软文小月亮给大家介绍了NetworkAnalyst3.0工具的概览。这次小月亮就给大家详细介绍NetworkAnalyst3.0工...
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被子植物系统发育位置 杂记被子植物中，无油樟目（Amborellales）、睡莲目（Nymphaeales）和木兰藤目（Austrobaileyales）并称基部被子植物类群，取首字母组合成了ANA ...
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非模式生物本生烟草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 转录组AnnotationHub中没有本生烟草数据库，只好自己构建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先参考非模式生物富集分析[https://mp.we...
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用clusterProfile进行非模式物种且没有参考基因组的GO和KEGG富集分析
新组装的基因组并没有上传和生成RefSeq基因组信息。而且一系列需要or.db或者构建or.db的步骤尝试构建数据库都不成功，要么缺乏物种信息，要么缺乏gene symbol...
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基因表达趋势分析-2：Mfuzz基因表达趋势分析-1：TCseq[https://www.jianshu.com/p/b808085c7351] Mfuzz能够识别表达谱的潜在时间序列模式，并将相似模式的基...
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转录组分析6——GO/KEGG富集分析莎莎写于2020.5.2这是5月坚持的第2天，要一直坚持写啊，加油! 差异基因的功能注释和富集分析: • GO和KEGG富集分析• 基因集富集分析 MsigDB数据库 G...
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代谢组学和转录组学联合分析综述
转录组学（Transcriptomics） 是一门在整体水平上研究细胞中基因转录情况及转录调控规律的学科 其研究对象是植物细胞在特定功能状态下转录出的所有RNA 的总和，包括...
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如何构建表达矩阵——RNAseq中游分析
中游分析这个词是我杜撰的，用来强调表达矩阵构建过程并不简单。 0 前言 前几天Jimmy老师发了一篇 我用这个技能一杯咖啡的功夫就挣了800块钱，讲了他帮一个粉丝从公共数据库...
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RNA-Seq：从fastq到表达矩阵一、测序数据的准备 新建工作目录，RNASeq-analysis mkdirRNASeq-analysiscdRNASeq-analysis/ 新建data文件夹； mkdi...
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Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作图！featureCounts是一个用来统计count数的软件，运行的速度飞快，比之前用的htseq-count快了好多好多。 照例先说一下怎么下载这个软件： 然后来说这次的流程...
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转录组定量工具-featureCounts安装及使用计算表达量可以用 StringTie、Htseq-count或featureCount ，第一次做转录组分析时，参照了一篇Cell的子刊文章的分析方法，里面使用的STAR+f...
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【RNA-seq自学08】数据分析之表达定量 featureCount 、表达矩阵featuresCounts 软件用于定量，不仅可以支持gene的定量，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal loca...
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插件 | Hisat2+StringTie 本地界面化（Win/Mac），点点点，完成转录组数据分析写在前面 早前，我已经通过插件的方式，让所有 TBtools 用户，都能完成 RNAseq 数据分析，从测序原始数据到基因表达量，使用的是一个曲线救国的策略，即直接使用 ka...
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MUMMER 两个基因组间比较MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据...
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比较基因组学分析3：特异节点基因家族富集分析（非模式物种GO/KEEG富集分析）比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
