发简信
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Smart is the new Sexy
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跑通GWAS，用这些脚本就够了最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，虽然具体还有好多需要微调的地方，先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈推荐百迈客云课堂课程GWAS生...
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【群体遗传】Fst（群体间分化指数）（1）是什么？含义是什么？ ，全称为fixation index，是一种用于衡量群体间分化程度的统计检验量（由Wright's F-statistics衍生而来）。 一般从S...
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从fastq到群体结构分析软件及命令行实现
比对分析 bwa 排序，因为后续处理都需要按照基因组顺序进行排序 进行捕获数据的提取和统计 去除重复区域 统计深度信息 建立索引 变异检测 gatk进行单个样品gvcf检测 ...
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收集一些生物信息学的分析流程的文章。感谢这些简友整理的生信分析流程！ 如果简友投稿没有被我收入专题，可能是我没看到或者收入到其他针对性更强的专题中了。望见谅！ 🕛🕐🕑🕒🕓🕔🕕🕖🕗🕘🕙🕚 文章的收录是有顺序的，查看的时候请点击“最新收录”然后进行查看。 👣 全基因组测序(WGS)分析 👣 转录组分析RNA-seq的分析流程 👣 染色质免疫共沉淀技术ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 👣 单细胞scRNA-seq分析 👣 癌症的预后标志物查找 👣 系统发育演化进化树构建与分析 👣 群体遗传学分析 👣 全基因组关联分析(GWAS) 👣 基因家族的分析 👣 甲基化测序与分析 👣 KEGG/GO功能富集分析 👣 图形绘制具体细节的比如热图、曼哈顿图的绘制等 👣 python、perl、R的包的使用过程 👣 具体工具的使用，比如GATK的使用过程 👣 数据库的挖掘方法，比如TCGA数据库的使用 👣 另外就是整个文章走下来的流程 👣 👣 👣
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RNA-Seq data analysis数据准备 数据来源 测序下机数据 直接进行质控和后续分析； 已发表数据 以“The PP2A-interactor TIP41 modulates ABA responses...
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hisat2比对转录组数据
目前hisat2是最流行的转录组比对软件，其比对速度快，且准确度较高。具体使用方法如下：用到的软件版本为hisat2-2.2.1，samtools-1.6 1. 构建hisa...
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转录组数据分析—Hisat2比对
Hisat2与STAR一样，是一款比对软件。它使用了基于BWT和Ferragina-manzini (Fm) index 两种算法的索引框架。Hiasat2采用了新的比对策略...
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RNA-seq练习 第二部分（基因组序列下载，注释文件下载，索引下载，比对，比对质控,HTseq-count计数，输出count矩阵文件）参考基因组下载有三大全文网站提供参考基因组下载，它们分别是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC (http://h...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
