发简信
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2021-05-25 picard和beagle软件使用过程中遇到的各种问题声明：因为本人使用过程中遇到了很多原来人碰得到的问题，放防止以后遗忘，所以做一下记录，因为前总结的很到位，所以直接引用到自己日常记录，供日后查阅。 主要引用为：【原创文章】辣...
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植物重测序---变异检测（samtools+bcftools篇）
植物基因组重测序除了GATK的方法进行变异检测以外，还有samtools+bcftools去进行变异检测。在这里我们不去分析哪一种分析方法好，使用samtools+bcfto...
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KASP标记与农作物育种KASP的特点 在过去30 年中，分子标记从低通量限制性片段长度多态性（RFLP）开始，到最近达到的基于NGS 技术的SNP 标记，已经经历了三代。竞争性等位基因特异性PCR...
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生信、AI、大数据、育种。全网同号
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遗传作图软件Joinmap4.0使用方法软件下载及安装网上都有教程。具体不再赘述。本文具体讲解Joinmap具体操作（网上没有这么详细）。 首先打开Joinmap4.0 创建文件 点...
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以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（上篇）BSA虽然不是我最早接触的高通量数据分析项目（最早的是RNA-seq），但是却是我最早独立开展的数据分析项目， 我曾经专门写过一篇文章介绍如何使用SHOREMap做拟南芥的E...
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使用MutMap快速定位突变基因：流程篇
在上一篇文章《使用MutMap快速定位突变基因：原理篇》中，我对MutMap的原理进行的简单的介绍。在本篇教程中，我会对MutMap分析的流程及分析过程中使用到的软件及其参数...
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使用MutMap快速定位突变基因：原理篇缘起 在我的课题中，我们使用了BSA结合全基因组重测序的方法寻找候选基因。本人乃生信小白一枚，可是对生物信息学非常感兴趣，一直想学一些生信分析。索性就以此为切入点，开始了自学...
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《BSA》-生信笔记---003背景介绍 一、什么是BSA? BSA（Bulked Segregant Analysis）---混合分组分析法 >根据目标性状表现型，对表型分离群体中的个体/株系依据目标性状...
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BSA分析[toc] 两种算法 1. 欧氏距离（ED）算法 mut与wt分别代表突变型混池、野生型混池，A、C、G、T表示标记位点各突变型所占测序reads的比例，对于二倍体来说，大部...
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重测序之BSA刘小泽写于18.7.18表型与基因型相关联（基因定位）是遗传学上的重要问题。 什么是重测序Resequencing？ 我们使用的基因组是怎么来的？通过Denovo测序，也就是...
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使用QTLseqr进行BSA-seq分析QTLseqr是一个用于BSA-seq的R包，它能够读取GATK输出结果进行过滤，最终使用SNP-index和G 统计值的方法进行定位。我们这次尝试使用这个R包来替代我们自己...
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2. BSA的原理BSA（Bulked Segregant Analysis），集群分离分析或分离群体分组分析法。两个特点：1. 混池2. 性状分离所以，BSA可以称之为分析有性状分离的群体分...
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Fine mapping定位QTL作物遗传育种需要发掘对农艺性状有重要贡献的QTL。某一重要农艺性状往往是由多个QTL调控。对这些QTL进行精细定位找出对应的基因对作物的改良具有重要意义。本文对如何进行...
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遗传统计|BSA-seq混合分组鉴定功能基因分离体分组混合分析法（Bulked Sergeant Analysis, BSA）也称为集群分离分析法或混合分组分析法，是从近等基因系分析法演变而来的。常规的育种通常从近等基...
