发简信
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比较基因组学分析2：基因家族收缩与扩张分析比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
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hyphy计算选择压力(+pal2nal的使用)官网：http://www.hyphy.org/[http://www.hyphy.org/]http://www.bork.embl.de/pal2nal/[http://...
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流程很棒！在后面重复作者流程的时候，在第五步有报错Error, len(target_sequence)=33 and pwm length = 0 。看了软件作者的git，如果遇到这个报错可以加--no_refine_starts参数
利用三代转录本升级基因组注释（gff3）
因为课题需要，我们在前期组装了一个基因组并进行了注释，但是存在两个问题，一个是没有考虑可变剪切，另一个是注释的基因并不准确，三代转录组的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利，...
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日常搬砖
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(bed、gff、vcf......)不同基因组之间的坐标转换基本思路都是从不同软件的结果通过手动操作转为minimap2的paf格式再转为chain文件，基于chain文件便能获得坐标转换paf文件格式解读:https://wap.s...
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[基因组工具]seqkit的使用
SeqKit的学习 --20191017 软件的介绍 SeqKit是一种跨平台的、极快的，全面的fasta/q处理工具。SeqKit为所有的主流操作系统提供了一种可执行的双元...
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RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略本节概览：1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichp...
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GOstats: 麻瓜一键分析 GO/KEGG 富集情况本菜甚至是不好意思PO这篇 Tools for manipulating GO and microarrays Falcon S, Gentleman R (2007). “...
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生物信息学中常用的文件转换命令
放置在最前面的参考链接 http://barcwiki.wi.mit.edu/wiki/SOPs/coordinates 支持的文件转换类型 text file to wig...
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宏基因组学/群体遗传学 方向
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2021-01-04根据SNP验证自然选择—XPEHH分析转载自https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw 背景 选择清除分析是常用于鉴定群体基因组水平受选择区域的一种方法，其...
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用Beagle做基因型填充（Imputation）在学习基因型填充之前需要了解一下什么是Phasing（基因定相、单倍体分型），主要是参考公众号碱基矿工中的一篇文章：人类基因组的Phasing原理是什么。建议多读几遍 Pha...
