2018年的Nature 上公开了一份尿路上皮癌（BLCA）的免疫治疗队列数据，而这份数据就储存在IMvigor210CoreBiologies包中。下面就来学习下吧 1.I...
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【R>>IMvigor210CoreBiologies】免疫反应 -
非负矩阵分解（NMF）应用于scRNAseq的细胞分群NMF算法简介 非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)的思想可以描述为，对于任意给定的一个非负矩阵V，NMF算法能够找到...
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10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之NMF（非负矩阵分解）
今天我们来学习一个简单的数学内容，NMF NMF算法简介 NMF是什么？ 非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)本质上说...
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神兵利器——单细胞细胞类群基因marker鉴定新方法：COSG在单细胞数据分析当中，当我们聚类分群完成之后，紧接着就是细胞类型注释，细胞类型的注释就离不开 基因marker ，即在目标细胞类群和其它细胞类群之间呈现出不同表达模式特征的基...
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ROGUE：计算单细胞数据中细胞群的纯度（异质性）在非监督的单细胞数据分析中，给定细胞cluster的均一性往往是不清楚的，也就是说我们并不知道分出的一个cluster中是否是一种细胞，还是依然包含了多种细胞。因此有人提出了...
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TCGA微卫星不稳定灶（MSI）数据处理基本概念 微卫星(Microsatellite)：基因组中的一类短串联重复DNA序列，一般由1-6个核苷酸组成，呈串联重复排列。由于其核心重复单元重复次数差异，微卫星具有群体...
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TCGA生存模型的构建以及模型预测和评估生存模型的构建方法包括：1. Lasso回归；2. Cox多因素回归；3. 随机森林；4. 支持向量机 可以把log_rank_test或cox筛选出的基因单独做模型构建，也...
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AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
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DoRothEA：scRNAseq转录因子活性预测工具在看文献Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 rev...
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单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞GSEA分析需要的文件有两个：1. 单细胞基因表达变化数据（两列，一列是geneid/gene symbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2. 目标基因集（...
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hdWGCNA：单细胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[https://www.jianshu.com/p/9331eb5377d1] 单细胞WGCNA分析方法+随机森林[https://www.jian...
