1. Cre-loxp系统及其应用介绍 Cre-loxp系统源于P1噬菌体的高效重组系统。Cre (Causes recombination; Cyclization rec...
IP属地：宾夕法尼亚州
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Cre小鼠的简介与应用 -
单细胞亚群差异基因火山图单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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Seurat整合scRNA-seq和scATAC-seq单细胞转录组学已经改变了我们表征细胞状态的能力，但对生物学更深入的理解需要的不仅仅是对细胞进行简单分类。 随着测量细胞不同维度信息的新方法的出现，一个关键的分析挑战是整合这些...
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Seurat包的打分函数AddModuleScore
在单细胞数据分析的过程中，Seurat包提供了一个为一个基因集打分的函数AddModuleScore（自定基因集），为基因集进行打分常见的富集分析软件GSVA，今天我们来看看...
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你到底想要什么样的umap/tsne图？随着生物学背景知识的增加，单细胞图谱的可视化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函数直接绘制的umap/tsne图往往很难达到要求了，这就要求我们提高绘图技...
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基因功能富集方法和基因注释数据库介绍1. 两种基因功能富集方法介绍 名词解释：1. 基因功能富集分析：包括过表达分析ORA、功能分类打分FCS、基于同路拓扑结构PT和基于网络拓扑结构NT和基因富集分析GSEA。...
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pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（二）参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
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生信分析之基因富集分析（GeneSet Enrichment Analysis)
01 基因富集分析基本概念 今天我们来讲一讲什么是基因富集分析 首先我们要抓住一个核心，那就是： “将我们挑出来的基因归归类，聚类分析，看看这些基因的功能和我们的研究是否具有...
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（RNA-seq工具比较）edgeR、limma、DESeq2三种差异表达包比较文章目录 加载R包和输入数据 表达数据整理3.edgeR包做差异表达4.limma包做差异表达5.DESeq2包做差异表达6.比较三种包差异表达基因筛选结果 1. 加载R包和...
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CITE-seq：同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序单细胞测序方法和原理系列： 1. 单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[https://www.jianshu.com/p/6c5d...
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单细胞之富集分析-5：一张图展示多组富集分析结果单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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什么！棒棒糖也能画成图？—— ggplot2绘制棒棒糖图/哑铃图
欢迎关注公众号查看原文[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwODAxMzc5Mw==&mid=2247488019&idx=1&sn=f...
