参考：ICGC数据库数据提取表达矩阵/如何提取癌症数据--生信自学网使用spread 出现的坑--刘小泽简书 目的：当我们使用TCGA 表达数据，数据以gene-sample...
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整理ICGC 表达数据 -
请问最后是如何解决的哇 方便告知吗
R语言进行生存分析cox回归时报错
运行的代码 library(survival) setwd("C:\\Users\\ANANQIQI\\Desktop\\6") expFile="surS...
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TCGA数据库MAF文件的分析以及可视化（maftools包的使用）这两天“王院长”帮别人分析snv数据，顺便给我推荐了一个R包：maftools。我看了一下官网，感觉是个非常强大的R包。那必须要学习起来~实际上网上已经有很多教程了，但都是用...
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target数据库初探在简书上看了很多文章，有很多收获，但自己从来没写过。 生信有很久没碰了，因为需要，又一次捡了起来。 之前在TCGA数据库一直没有找到骨肉瘤的临床数据，不能把基因表达和临床预后...
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WGCNA原理和分析流程WGCNA全称weighted gene co-expression network analysis，即加权基因共表达网络分析。它是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，...
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临床生信文章普遍存在的两个统计问题
临床预后模型，大多包含风险分层和独立预后分析两个验证分析，而很多文章在两个分析上存在不严谨。下面介绍一些分析的关键点。 1. 风险分层与cutoff 一般而言，预后模型会有训...
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allDiff=topTable(fit2,adjust='fdr',number=200000)有得到数据
但运行diffSig<-allDiff[with(allDiff, (abs(logFC)>logFoldChange & adj.P.Val <adjustP)), ]就是No data available in table
请问大神，这怎么处理啊13.GEO数据集的R语言差异分析和代码解析--2.差异分析
一、举例回顾 本节下载GSE1009数据集，使用limma包进行差异分析举例。 GSE1009 样本量：共6个样本，其中后3个为糖尿病肾病(DN)肾小球样本，前3个为正常肾小...
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Wilcoxon检验方法差异分析
文件要求：正常与肿瘤组的mRNA表达量 本次前50列是正常组，后374是肿瘤样本 setwd("C:/Users/仙女/Documents/liver cancer") li...
