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小泽看文献 | 用BatchBench比较scRNA批次矫正方法刘小泽写于2020.5.29这篇文章做了一件事，就是帮助我们区分不同的批次矫正方法，然后比较了一下优劣 文章题目：Flexible comparison of batch c...
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单细胞转录组WGCNA到底应该怎么做？在做单细胞转录组数据分析的时候，获得分群后我们希望知道每个群的marker基因是什么以此来描述细胞群的特征。其技术本质就是利用某种规则获得样本（高変基因）或者每个亚群（差异基...
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Rstudio 运行作图后不显示图片怎么破
plot(1:5,1:5)理论上，左边输命令，右边出图片，完美。实际上，plot，plot，plot，右边无动于衷。哦好吧。生活就是这么奇葩。运行一下这两行应该会可以。我的解...
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R数据可视化5:热图Heatmap最近休息了几天。没有来得及更新。今天我们来讲一讲热图怎么绘制 什么是热图(Heatmap) 热图是一个以颜色变化来显示数据的矩阵。Toussaint Loua在1873年就曾...
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【R>>RColorBrewer】神仙函数colorRampPalette首先声明下面整理的内容都来自于网络，并在文末注明了引用的出处，本内容仅用于学习交流，禁止用于商业用途，如有侵权，请联系删除。目前自己常用的调色R包有： ggsci[http:...
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CIBERSORT 免疫浸润(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT的介绍 Importantly...
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当小白遇到：参考基因组和基因组注释1、啥是参考基因组和参考基因注释？ 俗话说“大道至简”，咱生物界表示：这我熟呀！君不见，我只用ATCG 四个碱基就能上天入地，外加海底两万里。嗯，没毛病！！自从 1990 启...
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WGCNA（2a）：一步法完成网络构建和模块检测在上一篇帖子上完成了表达量数据和表型数据的整理，这篇文章将进行网络构建和模块检测。 WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗 - 简书 (jianshu.com)[https...
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WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗WGCNA：加权基因共表达网络分析，简而言之，就是将基因划分为若干个模块，探究与表型数据与基因模块之间的相关关系，并找到模块中的核心基因。 适用于复杂的数据模式，推荐5组(或...
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找不到某些GEO数据的表达矩阵肿么办举个栗子，GSE99410和GSE78200。 代码看起来没有问题，怎么就画不了图？ 因为它是空数据啊。 有两种情况 第一类，不是芯片数据，用于后续分析的文件以其他形式存储了...
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已经下架的R包和R版本太低安装不了的包怎么安装
1 如何安装CRAN已经下架的包 以前有个叫export的神包，因为可以把R语言的图片甚至是表格，导出为ppt等各种格式，所以很有影响力。Y叔的公众号曾力推过，见我不会用il...
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WGCNA 挑选软阈值我们今天就搞清楚这两个问题：1.什么是无尺度分布2.手工计算软阈值 无尺度分布 假如我问大家，如果你想认识世界上的任何一个人，需要通过几个人来联系？ 6个。 这个就是6度分隔...
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WGCNA原理简介网络图 在传统的网络图里面，一般分为非权重网络和权重网络对于非权重网络： 非权重网络的特点是只能表示两个点之间是否有关系，单纯的“一刀切”，即只有“有关系”和“无关系”这两种...
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使用tibble实现简单数据框
tibble 是一种简单数据框，相对于传统的data.frame做出了一些修改。tibble 包是tidyverse 的核心 R 包，其所提供的简单数据框更易于 在 tidy...
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什么是RESTful风格的APIREST (REpresentational State Transfer)，直译：表现层状态转移。这个中文直译经常出现在很多文章中。尼玛，谁听得懂“表现层状态转移”，这是人...
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ssGSEA算法原理及应用TCGA数据zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及应用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...
