相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2这一套流程做差异表达基因分析的时候的时候，最后会输出很多带MSTRG字样的geneid。 我一开始搜索这个问题，...
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关于stringtie定量基因的时候，最后输出很多MSTRG样式的geneid -
单细胞笔记14-Signac::GeneActivity()函数源码解读
GeneActivity()：计算Seurat对象中的基因活性 transcripts：GeneActivity最重要的作用是使用Seurat对象中的annotation生成...
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手把手教你单细胞测序分析实战1、数据读取： 以GSE106273为例： 下载三个combined文件，修改文件名：Matrix文件改为“matrix.mtx.gz”（这个文件是对基因的表达量），gene...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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R-韦恩图系列-UpSetRR-韦恩图系列-ggVennDiagram - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/b6054812a782]R-韦恩图系列...
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学习一遍ChIPseeker的使用刘小泽写于2020.5.23-24Y叔的原文在：https://mp.weixin.qq.com/s/3CMj0xejiV-FSMC-Vxd_-w 0 ChIPseeker的...
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使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（三）：Integrative Analysis of PBMC scATAC-seq and scRNA-seq简介 在本教程中，我们将对PBMC的两个scATAC-seq数据集(5K和10K)和一个scRNA-seq数据集进行整合分析。这三个数据集均来自10X genomics测序平...
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使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（四）：Integrative Analysis of 10X and snATAC简介 在本教程中，我们将对来自10X和snATAC-seq技术产生的成年小鼠大脑的单细胞ATAC-seq测序数据进行整合分析。该示例的所有数据可以从以下链接进行下载：http...
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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq
Signac是Seurat的一个扩展功能R包，可以用来分析、解释和探索单细胞染色质数据集。目前，Signac包主要专注于分析单细胞ATAC-seq数据，之后还会添加其他基于染...
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第2篇：原始数据的质控、比对和过滤这部分内容包括对原始测序数据质控，然后比对过滤，这是所有NGS数据处理的上游分析。 ATAC-Seq与其他方法不同的一点是需要过滤去除线粒体（如果是植物，还需要过滤叶绿体），...
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用copyKAT推断肿瘤细胞CNV及解决细胞过滤问题本文共分3部分。 首先介绍一下copyKAT原理和使用方法。然后提出一个关于细胞过滤的问题。最后提出一个解决问题的方法供参考。 1.copyKAT及使用简介 copyKAT是...
