我觉得处理任何事情，不仅要做到“知其然”，还要做到“知其所以然”。在做事情时，如果仅知道低头蛮干，不知道抬头看路；只知道跟着“牵牛绳”的方向，在鞭子的抽打下前进或停止，那么最...
IP属地：四川
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祖先状态重建—揭示物种性状的起源与演化 -
PAML之codeml正选择问题 2020-10-10
原理参考：http://www.chenlianfu.com/?p=3084[http://www.chenlianfu.com/?p=3084]解析参考：https://u...
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同源染色体片段检测工具ColinearScan的使用写在前面 更好的阅读体验请移步这里。确定染色体同源片段是基因组学研究的一个重要方面，有助于揭示基因组在历史上发生的多种多样的进化事件，如DNA复制、染色体重排、基因丢失等。研...
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Hyphy，不亚于Paml的选择压力分析的优秀软件，使用指北
近几年来，Hyphy的使用人数越来越来多，虽然不及paml，但这款软件的一些优秀特性使得它值得受到使用和关注。首先相比paml，hyphy有以下几大优点： 操作使用简单。 运...
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使用 PAMLX-MCMCTree 可视化估算物种分歧时间（这里只列流程，原理和具体参数设置请参照说明书，推荐使用 Windows系统，不需要编译） 1、软件下载及安装（http://abacus.gene.ucl.ac.uk/so...
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如何高效而且优雅地比较多物种的不同基因组区域？写在前面 高通量测序技术的普及，带来的是遍地的基因组。昨日，OneKP项目又发了一个Paper【因为很久以前他们就发过，数据也早就可以获取】。他们再发多少paper，事实上，...
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Motif中的PWM矩阵PWM矩阵是表示motif的一种方式，全称是position-specificweightmatrix(PSWM)或者是position-specificscoringmat...
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Motif和domain的区别Protein domain： 结构域的概念由Wetlaufer于1973年首次提出，他定义结构域为可以自动折叠的稳定的蛋白质结构单位。过去，结构域被描述为，折叠单位，致密结...
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泛基因组工具: Roary, panX, PEPPAN, PGAP引用文章标题：Insights on the Evolutionary Genomics of the Blautia Genus: Potential New Specie...
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基于Roary构建泛基因组记录安装软件 创建环境 运行 NCBI下载{genome}.gbff格式的测试数据 gbff转gff格式 生成泛基因组 DeBUG !!!运行中如果有关于Perl脚本的报错，例如...
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PAML正选择文献阅读与计算方法-自用版防杠叠甲：下述所有内容均为本人理解，欢迎友好的学术讨论。觉得看不进去的，写的不好的请windows用户移步右上角×标记，mac用户移步左上角，手机用户请关机。 持续更新中 将...
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Blast，Blast+，Diamond比较
1. Blast （1）格式化数据库formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile主要参数：-i 输入需要格式化的源数据库名称-p 文件类型，...
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bedtools获得基因组指定范围的序列
·# getfasta[https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/getfasta.html#getfa...
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可以从fasta中提取基因序列的4款软件
前言 做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来跟大家分享4款可以完成这个需求的软件，废话不多说了，直接来看...
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学习记录1：同线性(Synteny)和共线性(Collinearity)文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 更多参考：https://shengxin.ren/question/541[https://shengxin.ren...
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Augustus 基因从头预测
目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构，在这方面做的最好的工具是AU...
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参考基因组新时代 — “单倍型”参考基因组高杂合、多倍体一直是组装中的难点，以往的做法就是构建单倍体或双单倍材料(double-haploid )来进行组装，但同时也没有办法获得全面的基因信息。目前主流的组装算法倾向...
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2019意犹未尽的基因组可视化IGV（一）刘小泽写于19.6.8之前最开始学习IGV的时候写过两篇推文，当时简单做了了解，但有朋友说意犹未尽，嗯我也这么觉得，总觉得还是学的不够。推荐阅读：https://github...
