相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美的热图。 然而，然而，，我们得...
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IP属地：北京
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生信小白教程之Count转TPM，FPKM -
请问一下，有些下机数据太大，拆分成了好几个小的文件，这个时候file name该怎么命名呢！ 感谢
国家基因组科学数据中心（NGDC）---组学原始数据如何上传GSA
前言 在发表文章之前我们需要将测序的原始数据上传到一个公共库，并在文中提供accession number，实现数据的公开共享，这是国际惯例。以前我们上传数据时只能上传到美国...
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国家基因组科学数据中心（NGDC）---组学原始数据如何上传GSA前言 在发表文章之前我们需要将测序的原始数据上传到一个公共库，并在文中提供accession number，实现数据的公开共享，这是国际惯例。以前我们上传数据时只能上传到美国...
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AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
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转录组分析2——比对基因组莎莎写于2020.5.1学校第一批返校的同学已经解封了，我还在宾馆隔离我今天在这里立个Flag：每天都要写简书✍哈哈哈，可能不太现实，但是至少今天是新的一个月的开始要好好学习...
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MultiQC软件的安装及运行一、MultiQC的简介 二代测序技术的进步催生了高通量测序数据的生成。对于这些数据的质量评估，每一步分析结果的评估是后续结果可信度的衡量和保障。目前，有许多生信软件支持测序...
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Seurat识别细胞类群的原理（FindNeighbors和FindClusters）众所周知，seurat在降维之后主要依据两个函数来进行细胞分类，这里我们来深入了解一下seurat如何进行细胞分类的。首先我们来看有关分类的两个函数 我们来一一解决其中的问题...
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老师您好呀，感谢您的分享，请教一下您，我在使用complexheatmap包的时候，将列按照指定的factor进行了拆分，之后可以用column_order参数指定列的排序么？但是好像不能成功，是哪个参数的问题吗？谢谢！
R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)
前言 使用 pheatmap 已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。 受 pheatmap 包的启发，ComplexHeatmap 提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热...
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Heatmap(
gene_cell_exp,
col = col_fun,
name = "expression",
clustering_distance_columns = "spearman",
row_names_gp = gpar(fontsize = 7),
column_names_rot = 45, #列名称倾斜45°
row_split = 5,
column_split = cluster,
cluster_column_slices =FALSE,
column_order =column_order, #column排列顺序
column_title = NULL, #不显示列标题
row_title = NULL, #不显示行标题
rect_gp = gpar(col = "black", lwd = 1), #添加黑线条
left_annotation = rowAnnotation(
foo = anno_block(
gp = gpar(fill = 2:4),
labels = c("group1", "group2", "group3"),
labels_gp = gpar(col = "white", fontsize = 10))
)#在左边添加注释
)R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)
前言 使用 pheatmap 已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。 受 pheatmap 包的启发，ComplexHeatmap 提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热...
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【实验】流式分选protocol
一、物品准备 ① 带盖流式管（照紫外）② 抗体③ 冰盒 二、步骤 PBMC为例（离心参数不同） 【1】上样管准备 ① 轻吹，收集细胞离心 300g 5min② 1mL PBS...
