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GWAS全基因组关联分析全流程
拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完，从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法，加起来也有二十余篇，按分析的流程整理出一...
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7.2 GWAS：系统进化树美化——ITOL官方网站：https://itol.embl.de/[https://itol.embl.de/] ITOL是Interaction Tree ...
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7.1 GWAS：系统进化树——MEGA系统发育树 系统发育树是表明被认为具有共同祖先的各物种/材料之间的演化关系树形图，用来描述物种（或材料、序列等）之间的分类和演化关系，是反映群体...
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4.2 基因型数据描述性统计
完成标记开发后，会得到基因型数据，首先要对基因型数据进行统计，用到的工具是plink，安装及基础用法见链接：plink安装及基础用法 - 简书 ...
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12.GWAS：候选基因挖掘
在上一步确定好候选区间后，需要找到候选区间内的基因，即候选区间和参考基因组取交集，用到的工具是bedtools。 关于bedtools的详细用法...
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11.GWAS：确定候选区间
确定了与表型显著的SNP位点后，通常会选择在显著性位点所在位置前后，各一定的距离内，确定候选区间，进行候选基因挖掘，而这个距离如何确定？9.5 ...
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CMplot报错missing value where TRUE/FALSE needed今天在使用CMplot画曼哈顿图时遇到一个bug：Error in if (sum(pvalueT <= 0) != 0 || sum(pval...
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10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay关于连锁不平衡的详细介绍在之前的帖子里有说过，这里就不再赘述，本篇主要介绍LD decay的计算。1.GWAS：原理与目的 - 简书 (jian...
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9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿图绘制在R中进行整理，pmap格式在下面帖子中有详细介绍。第一列为SNP的ID，第二列为chr，第三列为SNP的位置，第四列开始为每个性状的SNP的P...
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