最近有同学向我反映想要大规模替换基因ID实在太难。今天为大家提供SPDE的解决方案。顺便唠叨一句,SPDE是我在生信实践过程中遇到问题以及解决问...
这一章是比较重要的,但由于在本文集的chromosome以及circos章节已经又有了非常详细的介绍了,这里不说了,相信同学们应该不会吐槽吧。当...
如题所示的这几种图没什么好说的,本文集前面已经有了足够的介绍,在这里就向大家再强调一下输入文件的格式吧: 热图: 这就是一个计算基因表达量最常见...
在进化树建完后,需要对序列的结构进行分析。这里需要区分两个概念,即蛋白结构域与保守结构域,它们两个不是一回事。从上一章,通过pfam方法同学们可...
看同学们挣扎在拿奖学金、毕业和升学的路上而苦于没有文章是时候给大家解决一下这个问题了。首先,我们需要解决的是序列的问题。我本身是做植物研究的,对...
circos图是在基因组以及基因家族中较为常见的图。原本circos据说是一位画家玩腻了学了学数学搞出来的。所以其配色、比例等是比较耐看也是比较...
首先介绍如何在染色体上标注基因家族成员位置。先上图: 要实现这个图需要准备两个文件,一个基因组格式化的fai文件,该文件的获取在: 需要注意的一...
首先要介绍的,当然是热图。虽然只是两个字却有着非常灵活的使用:可以展示表达量,可以展示某个生物过程中的基因富集情况,总体而言,但凡涉及数据而且是...
在进行共线性分析的时候需要准备两个文件:一个是blast文件,一个是gff文件。这两个文件都是需要经过相应处理的。在这里还是稍微跟同学们说一下原...
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