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本文比较长,长到需要一个目录ORA1.输入数据之基因2.输入数据之基因集合2.1 可以是预设的基因集合名称2.2 可以是来自msigdb网站的g...
1.R包和数据准备 随便一个h5文件即可。我这里使用的是pbmc3k,scanpy推文最后生成的文件就是它。 2.获取用于评分的基因集合 基本上...
1.数据和包准备 著名的pbmc3k数据:https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc...
1.背景知识 众所周知,单细胞转录组数据的输入文件是多种多样的,详见:不同文件格式单细胞数据读取流程 https://mp.weixin.qq....
这篇文章介绍的是有分组的单细胞数据怎样分析,数据来自GEO的GSE231920,有3个treat,3个control样本,代码完整,可以自行下载...
0. 背景知识 细胞通讯是单细胞数据高级分析中比较常见的一个,我们习惯使用的R包是CellChat。 这个是CellChat的一手教程: htt...
0.背景知识 做拟时序分析是为了探索自己感兴趣的几种细胞之间的发育关系,一般不是用全部类型的细胞来做的。例如本例中选择了CD14和CD16单核细...
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