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如何通过一致性聚类实现对表达谱数据的亚型分类
通过ConsensusClusterPlus包对基因表达谱执行一致性聚类（Consensus Clustering） 在大样本的组学分析中，经...
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快速获取功能相关基因
一个Python爬虫，快捷批量爬取与感兴趣功能有关的基因 转录组数据分析中，老师会碰到这样的问题： （1）这么多差异表达基因中，哪些基因参与了特...
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R包goseq的GO富集分析（有参情形）
前面已经讲述了R包clusterProfiler的GO富集分析[https://www.jianshu.com/p/51af63922e26]方...
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使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析（有参情况）寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。很明显，这些差异的基因必然与功能改变密切相关，例如，比较患病个体与正常个体...
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信号通路的富集（KEGG）
使用R语言clusterProfiler包进行KEGG富集分析（有参分析） 我们在前面的视频教程中，为大家讲述了GO、KEGG富集分析的基本原理...
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一种ceRNA关系网络的新颖画法，R语言绘制冲击图（桑基图）教程在ceRNA相关的研究中，例如circRNA-miRNA-mRNA，或者lncRNA-miRNA-mRNA的靶向关系图谱，一般通过网络图呈现。首...
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Venn图难以展示大于5组的集合怎么办？用UpSet图表示Venn图经常用于表现组间重叠元素的数量信息。但是随着分组数量的增多，Venn图的结构会越渐复杂，如下所示，当分组数量为5组时，已经不容易从中识...
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基因表达相关性也可以用弦图可视化（R语言）表达谱分析中，经常会使用到相关性分析，探索一组基因间的共表达特征。例如，这些基因间的表达是否存在较强的协同性，一个基因表达值的改变是否与另一个基...
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嵌套Venn图的绘制（R语言）
如何在差异基因Venn图中同时标识上下调基因数量信息 韦恩（Venn）图是常见统计图之一，用于展示各样本（或分组）之间共有（或特有）元素的数量...
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