高通量数据处理学习笔记 - 文集

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高通量测序数据处理学习记录（七）：使用ChIPQC包检查ChIP-seq的质量
参考文章六六这篇文章的作者看来是详细的观看了ChIPQC manual并且参考了已有文档进行了学习和实践。Manual见Manual。讨论 ...

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高通量测序数据处理学习记录（六）：什么是测序深度和测序覆盖度？
前言 Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses...

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高通量测序数据处理学习记录（零）：NGS分析如何选择合适的参考基因组和注释文件
前言现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。现有的参...

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高通量测序数据处理学习记录（五）：上传二代测序数据到GEO
前言实验室最近有一批数据在发表文章之前需要上传到GEO Gene Expression Omnibus。所以记录下上传数据的流程给大家借鉴。 ...

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高通量测序数据处理学习记录（四）：DeepTools学习笔记
前言开题啦，所以需要整合自己之前处理过的数据包括可视化作图，在GALAXY上翻到DeepTools正好有着一点用处，适当的搞了一波事情，顺带记...

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高通量测序数据处理学习记录（三）：Pathway Analysis及GSEA
Pathway Analysis讨论及基因富集分析软件（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）使用实战在所有物是...

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高通量测序数据处理学习记录（一）：比对软件STAR的使用
high-throughput seq analysis急先锋——STAR的使用介绍在所有物是人非的景色里，我最中意你。正体这次给大家带来...

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高通量测序数据处理学习记录（二）：Read Counts的提取
high-throughput seq analysis急先锋——HTSeq的使用介绍在所有物是人非的景色里，我最中意你。正体 HTSeq作...

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