三维基因组 - 文集

三维基因组

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【HiC】绘制TAD边界强度
背景经常在HiC文章中看到TAD边界强度变化图，大体上可以反映TAD之间隔绝情况,绝缘系数越低，TAD之间交互越弱。如下图：画图的方法：有...

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【HiC】数据如何选择合适分辨率？
参考：比如原位HiC，DLO-HiC 实验流程不同，reads利用率存在差别。但是你的数据量适合多大分辨率，是否满足TAD(40Kb)，Loo...

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【Hi-C】交互频率与距离衰减曲线绘制
参考：发现AB区室 09 science Comprehensive mapping of long range interactions r...

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AB区室计算【juicer/homer】
Tips：目前主流的计算AB区室工具: juicer/homer/cworld juicer: 第一篇HiC文章实验室提供的工具,计算多个分辨...

0.9 5259 14 18
HiNT&hic_breakfinder检测HiC数据中染色体易位
参考： 1.HiNT : 只能针对剪切酶：DpnII,MboI,HindIII ；发表于Genome Biology HiNT: a compu...

0.3 1983 1 2
HiCTrans 检测Hi-C数据中染色体易位
参考： hic_breakfinder ，HiNT，HiCtransNature Genetics|多种测序手段系统鉴定基因组SVNature ...

0.7 1963 3 6
【3D 文献/资料收集】
HiC 1.Hi-C分析工具比较 2.Hi-C中两种TAD检测方法 3.HiC工具汇总 4.Dixon &Renbin 2012 HMM /DI...

0.2 1135 0 2

3D Genome可视化工具
3D Genome 可视化工具可视化工具介绍 4D nucleome （http://www.4dnucleome.org/）项目挺有意思的，...

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Hi-C文库数据质控及解读
来源：三维基因组Magic [三维基因组Magic](javascript:void(0);) 2017-11-29 Hi-C文库数据质控及解...

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