GEO数据挖掘 - 文集

GEO数据挖掘

32篇文章 · 16434字 · 34人关注

有的难度是想象出来的，这样这样再这样不就解决啦！
1.问题数据学员遇到一个有问题的基因表达芯片数据：可以看到这个数据有两个问题：数值大小都在0附近，里面还有NA 2.探索原因在GSE页面上...

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富集的物种不是人咋整啊
1.ID转换首先是要转换ID,拟南芥是要TAIR id来做富集分析。怎么知道的呢？如果拿ENTRIZID来做，会收到这样式的报错信息：那我...

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WGCNA（一）案例：研究苹果的果皮颜色机制
任务驱使，直接看代码不明白是在干嘛。所以找了基因课的WGCNA课程来看，链接：http://genek.tv/[http://genek.tv/...

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一个数据里两种分组信息怎么做差异分析
1.背景知识众所周知，limma可以做基因表达芯片和转录组数据的差异分析，可以方便的得处两组之间有表达量差别的基因。多分组差异分析其实也是两两...

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log10数据要当心
基因表达芯片的数值范围是需要关注的信息。可以从箱线图上面看出大部分的端倪。特殊数据看过来这个数据的范围是在0-4之间的。正常的log之后的...

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trans_array：探针表达矩阵转换为基因表达矩阵 [TOC] #### 0.背景知识 trans_array这个函数的作用是讲探针表达矩阵转换为基因表达矩阵。因为探针和基因不是...
[TOC] 0.背景知识 trans_array这个函数的作用是讲探针表达矩阵转换为基因表达矩阵。因为探针和基因不是一一对应的关系，会存在多个...

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探针注释之其他基因id转换
0.介绍一下find_anno 我搞了一个函数，名叫find_anno，可以根据GPL平台编号给出探针注释的代码第一种情况是有两个代码可以用 ...

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又一个有点难的探针注释
1.下载GPL页面的表格文件 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL231...

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WGCNA（三）代码实现
0.数据预整理这是从GEO数据库下载的数据，GSE199335。整理数据的代码，尤其是分组信息和探针注释，因数据而异。下面的代码主要自WG...

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