GEO数据挖掘 - 文集

GEO数据挖掘

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log10数据要当心
基因表达芯片的数值范围是需要关注的信息。可以从箱线图上面看出大部分的端倪。特殊数据看过来这个数据的范围是在0-4之间的。正常的log之后的...

0.1 96 0 2
trans_array：探针表达矩阵转换为基因表达矩阵 [TOC] #### 0.背景知识 trans_array这个函数的作用是讲探针表达矩阵转换为基因表达矩阵。因为探针和基因不是...
[TOC] 0.背景知识 trans_array这个函数的作用是讲探针表达矩阵转换为基因表达矩阵。因为探针和基因不是一一对应的关系，会存在多个...

0.1 100 0 2

探针注释之其他基因id转换
0.介绍一下find_anno 我搞了一个函数，名叫find_anno，可以根据GPL平台编号给出探针注释的代码第一种情况是有两个代码可以用 ...

0.1 514 1 1
又一个有点难的探针注释
1.下载GPL页面的表格文件 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL231...

0.2 592 0 1
WGCNA（三）代码实现
0.数据预整理这是从GEO数据库下载的数据，GSE199335。整理数据的代码，尤其是分组信息和探针注释，因数据而异。下面的代码主要自WG...

0.1 1207 0 7
cel格式的芯片原始数据处理
收到一个学生求助，得到空的表达矩阵，限于目前初学的状态，处理原始数据比较困难，但又急用，这不，我来帮忙咯。 1.初步探索表达矩阵确实是空的，不...

0.4 1069 1 6
一个有点难的探针注释
一个有点难的探针注释 0.起因芯片的探针注释指的是探针与基因之间的对应关系，有四种不同的获取方法： Biocoductor的注释包GPL的表格...

1.5 959 0 5

GPL页面表格奇奇怪怪的更新
0.因数据库和R包更新导致的问题从GPL页面上下载注释表格，是获取探针注释的方法之一，通常是找不到注释包的第二选择。更新之前的下载方式是(2...

5.3 865 0 4
多分组芯片数据的差异分析-升级版
1.背景知识今天的目的是为了从一个5分组数据中筛选出两个分组，去做后续分析。扩展了一下，5个分组的数据其实也可以直接一步到位作差异分析的。数...

6.5 3533 6 36