一. 简介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP检测的软件，可以通过分析得到核心...
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八. SNP检测和进化分析（Snippy）
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植物基因组学-fastp进行高通量测序数据的质控对于各位小伙伴来说，无论是自己独立进行高通量测序数据分析，还是解读公司的测序结果，一个必须要面对的情况就是高通量测序数据的质量控制，又称Qual...
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一文读懂进化树（图文详解）一、什么是进化树 系统发育进化树 (Phylogenetic tree)：** 一般也叫系统进化树，进化树。它可以利用树状分支图形来表示各物种或...
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在linux中构建基因进化树
首先利用muscle进行多序列比对：“muscle -in 序列文件.fasta -out 输出的比对结果文件.fasta”。 再利用raxml...
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Phylogenomic_Tutorial || ML_Tree inferenceGithub/mmatschiner的phylogenetic & phylogenomic学习教程记录【一】多序列比对；核算替换模型的选择；最...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用极大似然法构建进化树
写在前面 我知道IQ-tree已经有很长一段时间了。不过我一直并没有使用它。主要原因是，常用的快速构建ML树的软件是FastTree，如果要求准...
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【生信课程】04-分子进化与系统发生-山东大学-生物信息学分子进化与系统发生 进化的故事：拉马克与用进废退 拉马提出进废退理论。他说生物经常使用的器官会逐渐发达，不经常使用的器官会逐渐退化。而且这种后天...
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进化树软件iqtree升级至2.0！自2015年文章正式发表以来，iqtree以其快速精准的建树和全面的功能在竞争激烈的系统发育树（phylogenetics）领域快速蹿红，并广受...
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IQ-TREE最大似然法构建系统发育树的神器IQ-TREE：最大似然法构建精确、快速、灵活、广泛的系统发育树 IQ-TREE自2011年就已经开发并开源，至今都有专业团队维护，其名字来源于...
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生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程
最近Orthofinder2开始陆续更新，文章已经投发到biorkix上，在网上搜了一圈，关于Orthofinder的使用的中文教程几乎是空白的...
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