参考基因组和注释文件 Posted on 2018-06-30 21:27 微凉charles 阅读(1240) 评论(0) 编辑 收藏 作业要...
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参考基因组和注释文件 -
Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件之前分析过的测序数据，数据质量都很好，给了我一个错觉质控的前后差别不是很大，内心里对质控这一步也就不是很重视，跑完质控有时也懒得看结果，拿到一批...
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测序数据质控统计（转载）引言： 随着NGS测序成本的降低，高通量测序分析变得越来越普遍。然而，在实际工作中，生信人员往往拿到测序公司提供的数据之后，就直接开始跑流程，去...
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FastQC及MultiQC整合使用FastQC FastQC 是一个基于Java写的测序数据质量评估软件。因为是用跨平台的语言Java写的，自然而然FastQC应是可以在不同系统...
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2、RNAseq(2)--测序原始数据处理（Clean data）1、fastq文件 一般我们从公司里得到的原始测序数据都是属于fastq.gz文件, .gz是一种压缩格式的缩写，于是首先第一步是对这些压缩格式...
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cutadapt 使用详解Cutadapt安装 基本命令 例子： 常用参数 参数详解 Removing adapters Adapter 移除 Anchored 5’ a...
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参考基因组及注释下载
现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。 现有的参考基因...
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2bit文件转换为fa格式文件 2019-10-22
处理数据时，需用到小鼠的基因组，于是在UCSC上面下载了小鼠的mm10基因组，但是是2bit格式，无fa文件， 不过说明中有提到2bit转换fa...
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Bioconda 安装与使用
个人学习笔记，转载链接如下：作者：Hypdoctor链接：http://www.jianshu.com/p/b42e5d8127db來源：简书著...
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可以从fasta中提取基因序列的4款软件
前言 做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来跟大家分享4款可以完成这个需求...
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