做甲基化分析时，生成了bedGraph文件，想将其转化为bigwig文件格式，以固定窗口的形式展示其窗口里的甲基化程度，最开始想使用USCS的工...
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滑动窗口展示甲基化程度 -
识别差异甲基化区域的软件 — DMRfinder
翻译DMRfinder官方说明文档。 Introduction DMRfinder 是一款用于WGBS的C位点提取、鉴定以及DMR分析的软件，具...
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Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件之前分析过的测序数据，数据质量都很好，给了我一个错觉质控的前后差别不是很大，内心里对质控这一步也就不是很重视，跑完质控有时也懒得看结果，拿到一批...
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计算不同组别间差异甲基化位点和区域的R包—DSSDSS (Dispersion Shrinkage for Sequencing data)，为基于高通量测序数据的差异分析而设计的Biocon...
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DNA甲基化测序数据处理（二）：差异分析前言 衔接上一篇数据比对后的结果，使用R包DSS进行处理。 Input文件准备 我们先来复习一下上一节课得到的数据结果：*.bismark.co...
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bismark_methylation_extractor提取甲基化信号的问题
运行到这里遇到一个巨坑 sambamba 好吧本来想将两个repeat的bam文件合到一起，想着sambamba快一些，还脑残的进行了排序，结果...
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全基因组甲基化分析简述DNA甲基化是一种非常基础且重要的表观修饰，在调控基因表达、转录因子结合和抑制转座子元件中起到关键的作用。 目前，DNA甲基化检测的技术已经比较...
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DNA甲基化测序数据处理（一）：数据比对前言 因为组里面出了一批甲基化测序数据，使用的技术为BS-seq，处理的时候顺带记录了学习过程，演示使用数据为官方提供的example.fast...
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bismark对参考基因组建立索引
分析DNA甲基化的手段有很多，除了甲基化芯片外，还有WGBS和RRBS等实验与高通量测序相结合的手段，不管是哪种策略，都需要对DNA进行亚硫酸氢...
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bismark 识别甲基化位点-比对篇
bismark 软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点，首先需要对基因组建立索引，建好索引之后，就可以开始比对了。 我用的软件自带的单端测序...
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