kallisto是2016年发表在Nature Biotechnology上的一个比对工具，可以将bulk或者single-cell RNA-S...
投稿
收录了11篇文章 · 2人关注
-
kallisto比对参考转录组 -
Salmon 进行转录本定量Salmon 是转录本定量软件，使用转录本定量主要优点一是更准确，比如不同样本同一基因使用不同 isoform 此时基因长度并不相等，直接基因定...
-
无参转录组的组装注释部分（1）大致的流程如下：BBtools --》 Trinity(v2.8.5) --》 Transdecoder --》Trinotate (3.2...
-
limma差异分析Q：该如何选择limma, DESeq2, edgeR A：各有各自应用的场景 如果是芯片数据，一般选择limma，毕竟它是处理芯片数据之王。 ...
-
转录组 fastq to counts
hisat2+stringtie 转录组
-
使用salmon和sleuth进行小麦RNA-seq差异表达分析
blast大家一定熟悉吧, 最近有大神爆出一个bug。也即参数“-max_target_seqs”并不是你理解的那样。下图红色箭头处是NCBI上...
-
deseq2 and clusterprofiler参考链接https://www.jianshu.com/p/c01b4cc1b98ahttps://www.jianshu.com/p/69aa...
-
RNA-seq 分析常用的软件如果所研究的物种有组装注释质量较好基因组序列，且和该基因组序列比对效率较高，那么可以采用有参转录组的分析策略，直接进行分析。反之，则需要按照无参...
-
基因功能富集一 基础知识 1、什么是富集分析？ 富集分析的原理一个生物过程通常是由一组基因共同参与，而不是由单个基因独自完成。富集分析的基本前提假设是，如果...
-
转录组分析（三）--GO及KEGG富集分析及可视化（包括条形图及气泡图）（对差异基因的可视化）
GO分析（上下调基因分开做，可用于BP,CC,MF分开画图） GO分析（上下调一起做，强烈推荐，可以看整体结果，并可选取其中的部分画图） GO ...
专题公告
收集
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1995801/crop1662568304570.jpg', '推荐专题《转录组流程》（ 分享自 @简书 ）','https://jianshuapi.com/c/da0df7418fc7?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}