一直以来都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩阵的关系，本文就来梳理一下scAT...
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单细胞笔记11-scATAC-seq上游数据处理 -
秘籍 | 计算基因组的有效大小（effective genome size）
写在前面 最近在ATAC-Seq中call peaks的时候发现需要用到基因组的有效大小（effective genome size） 方法一 ...
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第7篇：用Y叔的ChIPseeker对peaks进行注释和可视化上一步骤（第6篇：重复样本的处理——IDR）用IDR对重复样本peaks的一致性进行了评估，同时得到了merge后的一致性的peaks——sam...
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生信 | ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析写在前面 其实很多作者已经探索的差不多了，相关脚本、教程也很多，但我还是自己系统的总结一下吧。有时候感觉是浪费时间，但是在写的时候能发现并学习到...
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Tracksplot的绘制（绘图基础知识）最近年中汇总，会持续到6月底，我们就分享一些基础知识！ 我们的任务是实现下面这张图 直接开始,读取数据 开始绘制 在这里我们大功告成，完成上面图...
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【ATAC-Seq 实战】四、计算插入片段长度，FRiP，IDR值与deeptools可视化这里是佳奥！ 2022年的最后一天，让我们继续ATAC-Seq的学习！ 1 计算插入片段长度 非冗余非线粒体能够比对的fragment、比对率、...
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bam文件画插入片段长度分布图对于ATAC文库而言，其插入片段的长度分布有着非常典型的规律，示意如下 每200bp会存在一个峰，这个周期性波动反应的是核小体的个数。在ATAC...
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ATAC-seq分析干货-2
作者 | Arno审稿 | 童蒙编辑 | amethyst 上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。ATAC-Seq能帮助我们从全基因组...
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ATAC-seq生信分析综述翻译(Genome Biology)这是目前为止我看到过的关于ATAC-seq的最新综述，感兴趣的话值得一读。2020.4.22更新：我看到一个公众号也翻译了这篇文章，而且正好跟我...
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生信 | scATAC-Seq数据获取（超快sra转fq）部分代码参考自10x genomics官网[what-is-cell-ranger-atac]，但绝大多数代码融入了我自己的思考 1、上游分析（...
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