这次跟着课程（Smartseq2 scRNA小鼠发育学习笔记-1-前言及上游介绍）要练习的文章是：Dissecting Cell Lineage...
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(Smartseq2) single cell RNA-seq分析练习 -
生信技能树单细胞数据挖掘笔记(4)生信技能树单细胞数据挖掘笔记(1)：数据读入[https://www.zhouxiaozhao.cn/2020/10/24/ScRNAseq(7...
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单细胞学习笔记最近在学单细胞测序，学习了B站生信技能书树的单细胞教程，https://www.bilibili.com/video/BV1dt411Y7nn[...
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Seurat 4.0 || WNN整合scRNA和scATAC数据前情回顾 Seurat 4.0 ||单细胞数据分析工具箱有更新[https://www.jianshu.com/p/48e4f61e3a84]S...
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Seurat 4.0 ||单细胞数据分析工具箱有更新随着单细胞技术的成熟，同一细胞内的信息越来越多被揭晓。在转录组时代，我们说单细胞是一个rna的盒子，细胞类型是基因特异性表达的结果。现在，我们可...
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2020-07-07 单细胞数据.h5文件转换成seurat对象
第一步：从GEO数据库下载.h5文件 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GS...
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scRNAseq：h5文件转化为matrix表达矩阵前言 今天想跟大家分享一下单细胞分析中的一个需求，就是如何将h5的表达量文件转化为常见的表达矩阵。大部分情况下，我们是不需要用到这个需求，因...
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实验记录5：.h5文件解析为.tsv和.mtx格式这篇主要针对Seurat包装不上hdf5r包的bug而无法使用Read10X_h5这个函数的读者。 在使用Seurat包读取10Xgenomic...
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使用SingleR包进行单细胞类型注释分析SingleR包简介 SingleR是一个用于对单细胞RNA-seq测序（scRNA-seq）数据进行细胞类型自动注释的R包（Aran et a...
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SeuratData内置数据集的安装使用
SeuratData SeuratData是一种使用R的内部软件包和数据管理系统以Seurat对象形式分发数据集的机制。它为用户提供了一种访问S...
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