Pophelper基本说明 群体遗传下游分析中的一项常规分析即是群体结构的分层展示(STRUCTURE ANALYSIS)，不同于系统树和PCA...
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群体遗传 || Pophelper-群体结构可视化学习
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群体遗传中基于SNP的PCA分析
基于群体遗传中变异信息文件VCF来分析PCA 第一种方法 可以使用plink软件直接进行分析 plink --vcf all_genotypeg...
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生信分析|Minimap2+sniffles calling SVs
1、minimap2 Minimap2 is a fast sequence mapping and alignment program tha...
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Sniffles：长读长数据SV检测
Sniffles使用简介 介绍: Sniffles用于检测长读长数据的SV。主要为Pacbio数据而设计，但对于Oxford Nanopo...
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神灯宝典之三代重测序分析实录（二）
作者：云歌审稿：童蒙编辑：angelica 引言 以PacBio公司SMRT技术为代表的第三代单分子荧光测序平台为以测序为基础的科学研究带来了革...
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植物泛三维基因组研究思路泛三维基因组是以Hi-C技术为核心，结合基因组及表观功能组学研究技术，对细胞核内的三维空间结构与基因功能和结构变异间的关系进行研究, 了解物种或...
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「生信」共线性分析——MCScanX目录MCScanX下载及安装数据准备MCScanX运行及结果Ka & Ks 计算下游画图脚本最后 MCScanX有两个主要的功能, 一是, 方便...
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最全bcftools使用说明--只看本文就够了1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合，它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及B...
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一文读懂SV检测软件Manta的结果文件Manta输出VCF文件 Manta运行完毕后，将在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目录下输出一...
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Pindel检测“复杂INDEL”的一次测试写在前面 最近在实际工作中，遇到了一些“复杂InDEL”容易漏检的问题；这是由于在肿瘤组织中，一些插入和缺失可能同时发生于基因组的相同或相近的位...
专题公告
使用不同的软件对结构变异进行检测，比较不同软件差异
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