1. 两种基因功能富集方法介绍 名词解释：1. 基因功能富集分析：包括过表达分析ORA、功能分类打分FCS、基于同路拓扑结构PT和基于网络拓扑结...
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基因功能富集方法和基因注释数据库介绍 -
三种差异分析的整理针对测序数据和芯片数据，目前常用差异分析的R包有edgeR、limma、DESeq2，做一简单比较，方便平时分析。内容多为搬运，主要方便下次寻找...
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GSVA全名Gene set variation analysis（基因集变异分析）简介GSVA全名Gene set variation analysis（基因集变异分析），是一种非参数，无监督的算法。与GSEA不同，GSVA不需要...
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快捷查找KEGG里的通路和基因
需求 1.快捷查找ID对应的description，知道通路对应的编号是多少。2.找出某一个/几个通路里的全部基因，用来做单独的下游分析。 如果...
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三、差异分析
三大R包差异分析 可视化 三大R包差异基因对比 #########生信技能树课程笔记
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GO 与KEGG分析，调整坐标及其字体大小
1 整理表格，使symbol转entrezid，利于后面的富集分析。 2 GO 分析 BP，MF and CC分别作图 3 GO 分析，直接做3...
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富集分析
写在前面： 1某些富集代码[https://www.jianshu.com/p/5d82acad6008] |关于GSEA[https:/...
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基因表达分析（中）- 富集分析
回顾 首先对基因表达分析（上）做一个简单的回顾 研究基因表达的有如下工具：RNA-Seq，microarray， qRT-PCR等（欢迎补充） ...
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转录组入门(8): 富集分析
我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。然后把表...
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