在命令行中运行R脚本，可以使用Rscript practice.R的方式，其中practice.R是我们希望运行的脚本。在Linux和Unix系...
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代码书写01--argparse命令行参数解析 -
ATAC-seq分析：Annotating Peaks（9）1. 注释开放区域 将已识别的无核小体区域与基因组特征（如基因和增强子）相关联通常很有趣。 一旦注释到基因或增强子的基因，我们就可以开始将 AT...
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ATAC-seq分析：比对后处理（4）1. 结果处理 现在我们已经处理了 Greenleaf ATACseq 双端数据，我们可以开始处理比对。 首先，我们将确定 ATACseq 数据...
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单细胞之轨迹分析-7：Seurat+scVelo轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] ...
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差异甲基化分析R包methylkit、DSS和dmrseq的比较
前言 首先，对3个R包进行简单介绍。methylkit：用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包。该包的目的是处理RRBS以及WG...
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RRBS Bismark methylKit0.质控 1.建立亚硫酸盐基因组index 2. 比对 输出结果有两个重要文件，一个bismark_bt2_PE_report.txt，一个bi...
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Bismark 进行 WGBS 比对在《WGBS 全基因组甲基化测序》)讲解了 WGBS 测序原理，简而言之是 BS 处理将未甲基化 C 转化为 U(T) 而甲基化的 C 不变，从...
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使用bismark进行甲基化分析并使用IGV对结果进行可视化Bismark是进行甲基化分析过程中常用到的软件，可以将bisulfite处理后的测序reads比对到参考基因组上，得到参考基因组相应位置的甲基...
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Bismark软件使用入门
作者：马可菠萝 童蒙编辑：angelica 一、甲基化文库建库原理 借助重亚硫酸盐（Bisulfite）转换的方法被认为是金标准，该化学试剂会将...
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Seurat常规聚类和SCTransform脚本汇总2022-05-26
前沿 单细胞常规分析用得最多的软件非R语言的Seurat包莫属，当然还有Python语言的Scanpy，但是对于入门者来说，R语言更容易上手，而...
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