scRNAseq - 专题

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scRNAseq

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R语言实现-CIBERSORTx曲卷积
CIBERSORTx是一种在线工具，用于对单细胞RNA测序数据进行免疫细胞类型比例分析。如果您需要离线使用CIBERSORTx，可以按照以下步骤...

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使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（三）：Single-cell accessibility trajectories
往期精选使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq使用Signac包进行单...

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使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（二）：Constructing cis-regulatory networks
往期精选使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq使用Signac包进行单...

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使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（一）：Cicero introduction and installation
往期精选使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq使用Signac包进行单...

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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（四）：Merging objects
当合并多个单细胞染色质数据集时，我们必须注意到，如果每个数据集都是独立的进行peak calling，则它们得到的peaks可能不是完全一致的。...

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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（三）：scATAC-seq data integration
在本教程中，我们将学习使用Signac包对多样本的scATAC-seq数据进行整合分析。这里，我们对来自10x Genomics和sci-ATA...

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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（二）：Motif analysis with Signac
在本教程中，我们将学习使用Signac包进行DNA序列的motif富集分析。Signac包可以使用两种互补的方法进行motif分析：一种是通过在...

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使用cellassign包进行单细胞类型注释分析（二）：Assigning single-cells to known cell types with CellAssign
Basic usage 这里，我们使用cellassign包自带的示例数据简单演示其基本用法。首先，加载相关的R包和示例数据：接下来，我们计算...

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使用cellassign包进行单细胞类型注释分析（一）：Constructing marker genes from purified scRNA-seq data
cellassign包简介 cellassign基于marker基因的信息自动将单细胞RNA-seq数据分配注释到已知的细胞类型中。它以mark...

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使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（一）: SnapATAC简介与安装
SnapATAC简介 SnapATAC (Single Nucleus Analysis Pipeline for ATAC-seq) 是一个能...

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