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GATK
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  • 植物重测序---变异检测（samtools+bcftools篇）

    植物基因组重测序除了GATK的方法进行变异检测以外，还有samtools+bcftools去进行变异检测。在这里我们不去分析哪一种分析方法好，使...

    2.1 LiuYueRR 0 23
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    GATK Best Practices for RNA-Seq

    前言 GATK是由Broad institute开发的用于变异检测(例如: SNP, Indel等)高通量测序数据. 目前GATK已经被广泛应用...

    1.5 Zhai1994 1 14
  • 比对软件BWA(Burrows-Wheeler Aligner)

    BWA[http://bio-bwa.sourceforge.net/] (Burrows-Wheeler Aligner) BWA主要是将re...

    2.8 模拟数据X 4 31
  • Samtools和Bcftools

    Samtools和Bcftools简介 SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令。BCFtools主要是用来操...

    0.7 井底蛙蛙呱呱呱 4 16
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    关于GATK分析RNA-seq数据的一点建议

    ——原创：雷万钧 问题起因： 首先，我在做RNA-seq数据分析Mutaion的时候发现一个问题： 在查看某个样本的突变信息发现，没有被检出，但...

    1.7 生信雷 1 19
  • GATK入门的最佳姿势

    GATK，全称是Genome Anlysis Toolkit，顾名思义，是一套用于分析基因组的工具箱。主要功能是寻找变异位点和基因分型，但是实际...

    3.0 xuzhougeng 7 49
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    初识GATK

    1.什么是GATK GATK是Genome Analysis Toolkit的缩写，是用来处理高通量测序数据的一套软件。最初，GATK被设计用来...

    0.2 曹务强 0 11
  • 用conda下载安装gatk3.8并注册

    现在gatk已经更新到gatk4了，但是gatk3.8还是有很多应用的场景，比如指定多线程，并且有些功能在gatk4里找不到（也可能是我道行浅）...

    1.1 卖萌哥 2 13

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