单行命令，化繁为简，重剑无锋，大巧不工。接下来学习生信实用单行命令。 基础awk和sed命令 sed: stream editor流编辑器 提取...
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【linux】单行命令-第2部分：Bioinformatics one-liners
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grep -v、-e、-E
概述 在Linux的grep命令中如何使用or，and，not操作符呢？ 其实，在grep命令中，有or和not操作符的等价选项，但是并没有gr...
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Linux： 数据处理三剑客之awk前言 对于用Linux来处理数据的用户来说，应该都知道Linux处理数据的三个强有力的命令awk、sed、grep——人称三剑客。那么今天想...
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耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？
在NGS基础：测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据，命令如下。 这个代...
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【生信技能树】sam和bam格式文件的shell小练习【生信技能树】sam和bam格式文件的shell小练习 LINUX练习题 1) 统计共多少条reads(pair-end reads这里算一条)...
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awk 进阶（两文件的交集和差集）
简单的语句 两文件的交集和差集 例子 aaa.txt文本 bbb.txt 求aaa.txt和bbb.txt的差集 awk 交集 NR表示已经处理...
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文本处理命令awk 实例学习参考文章源地址awk命令是Linux系统里非常强大和功能丰富的文本行处理工具命令，使用方法简单，但是功能丰富，处理文本的速度也非常快。awk是Lin...
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[转]snakemake使用笔记
snakemake是一个用来编写任务流程的工具，用python编写的，因此其执行的流程脚本也比较通俗易懂，易于理解。 一、从一个简单的例子开始 ...
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linux视频 文本处理 笔记
听老大哔哩哔哩视频中的linux文本处理的部分，其中讲到三驾马车（grep、awk、sed）部分很快就迷糊了，工欲善其事，必先利其器。这几种文本...
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Ubuntu18.04.2LTS安装、配置、美化Ubuntu18.04.2LTS安装、配置、美化 安装准备 准备Ubuntu18.04镜像 关闭Secure Boot 硬盘分区 硬盘一般分为I...
专题公告
写pipeline，处理文本awk和sed等应用
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