将经过过滤后得到的高质量数据比对到参考基因组上，并进行排序和去重复等处理，用于后续的变异检测。 软件准备 bwasamtoolspicard 文...
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重测序分析（3）比对到参考基因组
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全基因组关联分析(GWAS)protocol全基因组关联分析（Genome-wide association study，GWAS）是应用基因组中数以百万级别的单核苷酸多样性（Single...
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基因组重测序SNP_calling1 介绍 基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。 基于全基因组重测序技术，人们期...
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从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第4节 构建WGS主流程这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读，对于有一定...
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全基因组重测序流程【超细致！！】
自己在研究生的第一个项目就是处理重测序数据，在做的过程中参考了很多资料，现在把整个重测序的上游分析流程分享给大家，一些关键环节已经帮大家踩过坑了...
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snpEff构建物种数据库及完成vcf变异文件注释
1. 如果在没有jdk12的conda下安装snpeff，会报错 解决方法（针对非root用户） 参考：https://www.jianshu....
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基因组数据的定向和填充（Phasing and Imputation）
基础概念 Phasing，基因定相/基因分型/单倍体分型：将二倍体or多倍体基因组上的等位基因，按照其亲本正确定位到父亲or母亲的染色体上，最终...
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2021-01-05重测序数据call SNP 流程
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[https://www.jianshu.com/p/938d...
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GATK 4.1.7.0 call SNP
GATK4.0之后和之前的版本存在较大差异，因此需要使用特定版本来call变异时需要有较大的改动，call变异的过程更趋向于流程化。 首先是软件...
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转录组--STAR比对（可用于差异分析、可变剪接分析和call_SNP）
1 建索引 2 比对(若用于GATK，可不排序输出sam文件) 1)常规比对（一次2个吧, 用于差异分析） 2-pass模式（用于RNA数据的G...
专题公告
重测序
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