AAH2基因的一个转录本（是﹣链，所以起始密码子位置在后面） 1. exon外显子：包括cds，并不是所有的外显子都能编码氨基酸，5‘UTR 3...
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gtf文件第三列详详解（exon/CDS transcript/gene） -
bedtools intersect用法 (intersectBed)bedtools intersect可以对两个基因组特征 (genomic features) 进行overlap，找到两者重合的区域。比如求两...
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cytoband坐标+gencode注释一步get基因名想去这样的实验室🤐，图源水印 需要下载两个文件： cytoband文件 gencode注释文件 用到的包： 文件下载到本地后，简单粗暴读取 先对...
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取两个VCF的差集
参考：https://www.biostars.org/p/113509/#113509[https://www.biostars.org/p/...
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使用bedtools划分各种条件的bin
参考染色体大小文件chrom.size 将染色体划分为20bp为一个bin的区间 将染色体划分成20bp为一个bin滑动距离为10bp的区间 将...
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使用Pysam操作BAM文件
Pysam操作BAM文件 Pysam包是一个处理基因组数据的python模块，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcf...
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LOLA：overlap analysis for enrichment of genomic region set前言 说到富集分析，大家肯定第一时间会想到GO、KEGG、GSEA等常见的基因富集分析。那什么是基因富集分析呢？简单来说就是把我们筛选出来的...
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bamtofastq 将bam文件转成fastq文件目标 通常比对好的bam，如果需要重新比对，需要将文件转成原始的测序文件的格式fastq。通过bedtools中的bamtofastq 能够将文...
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从BAM文件提取unmapped reads并转换成fastq格式用到的程序，samtools和bedtools，都用conda安装。 目标是将第一次比对的bam中unmapped reads提取出来，并转换成...
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跟着官方文档来看看GRanges这个对象刘小泽写于2020.8.5今天跟着官方文档来看看GRanges这个对象 1 前言 内容来自：https://bioconductor.org/p...
专题公告
bedtools bedops bedr 等
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