1. 下载Cisbp数据库中的motif文件 (1) 下载文件 CISBP数据库[http://cisbp2.ccbr.utoronto.ca]...
投稿
收录了49篇文章 · 73人关注
-
如何从CisBP数据库生成ArchR使用的Motif PWM文件 -
联合 RNA 和 ATAC 分析：SNARE-seq引言 本文[https://stuartlab.org/signac/articles/snareseq]将带您分析一个单细胞联合检测数据集，该...
-
ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质，结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时，结合变得...
-
Chip-Seq&ATAC-Seq 测序分析流程--上游写在前面 这里我将chip-seq&ATAC-Seq的分析分为了上游和下游两个模块，但是都只是介绍了常规的分析流程。因此，在面对具体课题的下游分...
-
Genrich：ATAC-seq,ChIP-seq 差异富集peak calling分析工具教程
Genrich介绍 Genrich 是一个用于从高通量测序数据中识别基因组区域的显著富集（即peak calling）的生物信息学工具。它主要用...
-
Nature Genetics | 全基因组筛选鉴定染色质开放性调控因子【导语】 2024年2月15日，来自日本Kanazawa University的Yusuke Miyanari课题组在《Nature Genet...
-
个性化ChIPseeker注释peak结果，基因 or 功能区类型随心选，好用的脚本等你来取ChIP-seq、ATAC-seq等获取到基因组范围内的peak后，需要对其进行基因注释以便进行后续的分析。ChIPseeker做为peak...
-
生信分析7：如何利用ATAC-seq数据鉴定转录因子活性前一篇推送解读了2022年发表在DC上的关于拟南芥再生的文章。文章种利用TOBIAS鉴定了转录因子的活性。本次推送将介绍这款软件的原理及使用。 ...
-
【ATAC-Seq 实战】三、比对与Peaks Calling这里是佳奥！我们继续clean数据的比对。 1 使用bowtie2进行比对 用bowtie2进行比对和统计比对率, 需要提前下载参考基因组然后使...
-
单细胞笔记11-scATAC-seq上游数据处理一直以来都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩阵的关系，本文就来梳理一下scAT...
专题公告
分析方法流程
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1670899/crop1539053342974.jpg', '推荐专题《ATACSeq 开放染色质分析》（ 分享自 @简书 ）','https://jianshuapi.com/c/9f979562ef36?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}