写在前面 初始组装经过基因组纠错（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以将其挂载到染色体上，使其由contig/scaffold级别...
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De novo组装#07 | 染色体挂载 （allhic，3d-dna） -
Stripe基因组中的条纹Stripe是三维基因组结构中一种特殊的染色质互作模式，最早由Rao等人在2014年的研究中发现和命名。与TAD（Topologically A...
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orthofinder分析泛基因组及可视化数据准备GeneCount文件包含了所有同源基因组数目不为1的所有基因组，在各个样本中的数目；UnassignedGenes文件则包含了仅包含一...
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Repeatmodeler+EDTA+homology-based库屏蔽重复序列
1. repeatmodeler 2. EDTA 3. 下载homology-based库 4. repeatmasker
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homer 处理HiC-pro的结果写在前面，得到HiC-pro的结果后，我们想看看显著的互作区域以及两个样本互作区域的不同. 关注正常染色体 比较不同实验组数据大小，如果相差比较...
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转座子（TE,散在重复）特征及其对基因组影响基因组中重复序列大体分为两类：串联重复（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可预测）散在重复（Disp...
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文献解读（一）：植物基因组文献前言 小编要分享的这篇文章是2020年10月19发表在Nature Communications杂志上，很荣幸征得作者本人（北京林业大学林木...
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转座子分类软件deepTE使用中遇到的报错deepTE的github主页 https://github.com/LiLabAtVT/DeepTE[https://github.com/L...
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基因组结构注释1. 组装基因组质控 得到组装好的基因组序列之后，首先要使用多种方法评估组装质量。这里用到2款可用于基因组组装质量评估的软件——QUAST和BU...
专题公告
基因组
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