宏基因组 - 专题

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宏基因组

收录了14篇文章 · 13人关注

宏基因组之物种注释（基于nr库）
昨天下午捣鼓了一下宏基因组物种注释过程(基于nr库)，现在将整个流程记录一下。软件需求：blast，diamond，taxonkit(安装自行百...

2.0 凯凯何_Boy 14 10
微生物多样性qiime2分析流程(3) 使用figaro来得到dada2正反向截断参数
dada2插件对原始数据paired-end-demux.qza进行质量过滤需要两个参数，trunc-len-f和trunc-len-r。这个想...

1.0 R语言数据分析指南 37 14

快速计算基因表达软件：Salmon
我们常见的转录组表达分析一般都是将reads比对至参考基因组或者转录组上，然后在基因或者转录本水平上定量表达丰度。但最近在做小RNA分析时却遇...

1.5 BINBINCC 2 17
MetaWRAP
手动安装MetaWRAP 依赖软件安装--apt安装需要手动安装的软件安装完后，添加maxbin和quast软件的路径到path安装Meta...

0.3 nitrostarch 0 3
PICRUST2安装及分析
PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of...

0.2 肖ano 0 2
R可视化：使用R的circlize包绘制样本-物种丰度关联弦状图
R作图-使用circlize绘制样本物种丰度关联弦状图 circlize图也即是弦图能较好展示样本物种丰度关联关系，先前从lyao222lll博...

2.0 生信学习者2 1 12
微生物多样性qiime2分析流程(6) 数据可视化分析(上）
在之前的几篇文章里，介绍了如何整合dada2的分析结果，并且已经通过MicrobiotaProcess包转化为了phyloseq对象，接下来先让...

2.4 R语言数据分析指南 9 14

宏基因组怎么分析？
文章分析思路：整体概述——物种组成——功能组成——关联/因果文章主要结果描述： 1. 样本、物种、功能整体内容描述 2. 物种组成整体差异和分...

1.5 笺牒九州的怪咖 0 3
Qiime2(四) -过滤feature table
. 按代表序列数量过滤保留总测序量大于3条的代表序列： 2. 偶然因素过滤为了规避偶然因素，保留至少在2个样品本存在的ASV ： 3. 过滤...

0.1 佳名 1 2
16S测序分析（三）用LEfSe寻找组间差异细菌
导读前面已经介绍了获取菌属相对丰度表的方法，以及多样性分析中的基本概念和计算方法。接下来将开始介绍一种寻找组间差异细菌的常用方法LEfSe。L...

1.0 胡童远 0 26