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2021-03-26 QC1.0基于缺失率的过滤
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2020-01-14 如何合并VCF文件
因为一直在练手GWAS分析，所以刚开始Call SNP的时候是单个个体call的，后面就需要把这些不同vcf合并。 琢磨两天后，发现bcftoo...
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[vcftools,bcftools]vcf 文件多个合并用于vcftools 转plink
建立索引，最新版的bcftools 1.11 支持不压缩排序，不过vcf 中染色体顺序要与header中的一致New --no-index wh...
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8. GWAS：亲缘关系——TASSEL&GCTA• 指在非家系群体或系谱不明确的群体中两特定材料之间的遗传相似度与任意材料之间的遗传相似度的相对值； • 材料间不平衡的血缘关系是导致标记出现非...
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plink计算近交系数
1.提取个体list bcftools query -l SNP.filtered.vcf > ind.txt 2.计算近交系数 # 不能有mu...
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ROH、近交系数、亲缘系数、IBD、IBS连续纯合片段（runs of homozygosity, ROH）是亲代将同源相同的单倍型传递给子代而形成的，基于ROH计算的基因组近交系数是个...
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2018-11-06 GWAS实战（七）plink 进阶之关联分析这一节说的是association analysis 也是我们分析单标记回归得到的结果（P值）的一步，这一步的结果可以用来与我第一讲 联合起来，...
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2018-11-05 GWAS实战（六）plink 进阶之主成分分析和群体分层要学习这一节，首先是要学习什么是主成分，什么是聚类这个我一直有点搞混，可以百度谷歌查一查http://www.cnblogs.com/pinar...
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2018-11-02 GWAS实战（五）plink 进阶之数据过滤一条命令
之前讲了太多的很细的数据分析和过滤，在实战中，一般可以把命令写在一起。 这张图片对比了数据summary和数据过滤的命令之间的差异。 对于我们自...
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2018-10-31 GWAS实战（三）plink 进阶之认识常用文件格式学会了基本的plink之后，就要开始学习了解输入文件的格式了。详细的格式建议看官网因为之前以及接触过几次，这里来个详细的归总主要认识 ped m...
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