选择压力及基因在进化过程中所受到的压力，也称自然选择。 在遗传学中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义突变频率(Ka)和同义突变频率（Ks...
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选择压力分析，从序列下载到结果绘图 -
PAML-discussion-groupHi PAML Users,Welcome to the PAML discussion group. This site is for po...
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祖先状态重建—揭示物种性状的起源与演化我觉得处理任何事情，不仅要做到“知其然”，还要做到“知其所以然”。在做事情时，如果仅知道低头蛮干，不知道抬头看路；只知道跟着“牵牛绳”的方向，在...
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orthofinder分析泛基因组及可视化数据准备GeneCount文件包含了所有同源基因组数目不为1的所有基因组，在各个样本中的数目；UnassignedGenes文件则包含了仅包含一...
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mcmctree进行分化时间的估算以下内容参考了博客https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/12818888.html、前研究组师妹的总结资料和MC...
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Ka/Ks和4DTv计算可视化
参考地址[https://www.jianshu.com/p/9d28de3d18e6]Ka/Ks和4DTv用于分析基因组的复制情况，可共线性分...
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系统进化分析全记录——以HDZIP3家族为例（附自动化phylogeny程序）
一、phylogeny总体分析流程 系统进化分析已经是做生物学、生物信息的一项基础分析方法了。确定同源基因、进化历史、基因家族分析、分子进化等都...
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2023-07-06依据WGDI的使用，自己动手写一个小脚本（注：没写完 不好用）
参考来源如何用WGDI进行共线性分析(上) - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/a5054...
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系统发育常见软件与在线工具合集
本篇文章是为了记录本人在系统发育实验和数据分析过程中，所使用过的以及部分未使用但如雷贯耳的软件的集合。当然，相对于整个系统发育软件之汪洋大海，此...
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