日常瞎掰 HiC-seq可以用来研究基因组范围内的染色体片段之间的交互情况，这其中会涉及到染色质区室(A/B compartments)的变...
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saddleplot | A/B compartments -
TADCompare的安装与使用
最近在比较样本间TAD的差异，看到有个R包TADCompare可以做，学了一下，这个R包功能比较齐全，可以比较，还能直接出图，很方便。接受很多格...
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Fit-hic 2 通过hic数据检测显著性互作安装官网中提到三种安装方法，可通过conda, pip，git clone 安装该软件.我们这里利用conda,非常简单快速.1.1 conda...
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生信 | 三维基因组技术（五）：TAD 分析流程写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 ...
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HiC矩阵可视化之-HiCPlotter1. 软件安装 软件是python写的，不需要安装但是需要安装需要的库。 Numpy, Scipy, Matplotlib. 2. 输入文件要求...
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【HiC】绘制TAD边界强度背景 经常在HiC文章中看到TAD边界强度变化图，大体上可以反映TAD之间隔绝情况,绝缘系数越低，TAD之间交互越弱。如下图： 画图的方法： 有...
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AB区室计算【juicer/homer】
Tips： 目前主流的计算AB区室工具: juicer/homer/cworld juicer: 第一篇HiC文章实验室提供的工具,计算多个分辨...
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HiCpro-HiCplotter
一、HiC-Pro 简介 HiC-Pro是目前比较流行的HiC数据标准化处理工具之一，其流程主要分为6个步骤，比对、过滤HiC比对结果、检测有效...
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【三维基因组】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step3【Juicer差异loop分析】HiCCUPSDiff HiCCUPS Diff 可以帮助你寻找差异loop注意:HiCCUPSDiff wor...
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TADCompare：差异TAD分析日常瞎掰 上海这一波疫情来得真可谓猛烈！原本连“四五天”都不能封闭，属于全世界的上海都停摆了个把月时间。你说厉害不厉害！灾难来临时，趋利避害...
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