写在前面 这里我将chip-seq&ATAC-Seq的分析分为了上游和下游两个模块，但是都只是介绍了常规的分析流程。因此，在面对具体课题的下游分...
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Chip-Seq&ATAC-Seq 测序分析流程--上游 -
纠结！narrowPeak还是broadPeak常见组蛋白修饰的ChIP-seq数据，使用macs2分析时会面临一个问题，peak的峰形到底是narrowPeak还是broadPeak？基...
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个性化ChIPseeker注释peak结果，基因 or 功能区类型随心选，好用的脚本等你来取ChIP-seq、ATAC-seq等获取到基因组范围内的peak后，需要对其进行基因注释以便进行后续的分析。ChIPseeker做为peak...
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PePr识别组蛋白修饰ChIP-seq差异峰+bed文件注释
PePr相关内容: 文章连接:NCBI - WWW Error Blocked Diagnostic[https://pubmed.ncbi.n...
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转录因子数据库
JasParhttp://jaspardev.genereg.net/[http://jaspardev.genereg.net/] 2Moti...
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motifmatchr
motifmatchr的作用就是分析众多的序列和众多的motifs, 从中找到哪个序列包含哪个motif. 它的核心函数就是matchMotif...
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deeptols 画图工具 使用方法与代码deeptols 画图工具 使用方法与代码[https://blog.csdn.net/weixin_51192038/article/deta...
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LOLA：overlap analysis for enrichment of genomic region set前言 说到富集分析，大家肯定第一时间会想到GO、KEGG、GSEA等常见的基因富集分析。那什么是基因富集分析呢？简单来说就是把我们筛选出来的...
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基因家族分析(2) ggplot2绘制motif分析图隔了这么长时间终于开始更新基因家族的第2篇文档了，绘制motif分析图。以往做这类分析都是通过TBtools此款软件，今天让我们通过ggplot...
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2个Chip-seq样本差异peak分析因为我上面的样本是CK和treatment的，所以需要发现2个样本之间的差异peak。 对于差异的peak我依旧用的是MACS2里面的bdgdi...
专题公告
转录因子 组蛋白修饰等分析流程
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