前言 小编要分享的这篇文章是2020年10月19发表在Nature Communications杂志上，很荣幸征得作者本人（北京林业大学林木...
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文献解读（一）：植物基因组文献 -
如何获得cafe所需要的过滤后的基因家族基因数目文件
Orthofinder产生的Orthogroups.GeneCount.tsv不能直接作为CAFE软件的输入文件，需要做如下处理：filter_...
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物种进化树构建
使用单拷贝基因画物种进化树 所需软件： 步骤： python 脚本更改物种蛋白序列的ID 2)更改各个物种蛋白库文件的名字，与序列ID的名字前半...
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2019-11-02OrthoFinder-----示例画系统发育树(二)
由OrthoFinder软件可产生大量的分析结果，用于多种分析，下面介绍用产生的文件画系统发育树。 1.基因树(Gene Trees) 根据每个...
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OrthoFinder2—同源蛋白家族聚类寻找同源蛋白家族用的比较多的是Orthomcl，但是该软件多年前已经停止更新，且使用的时候需要安装和使用MySQL，操作起来比较繁琐。因...
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基因家族扩增与收缩（2）
使用cafe软件，和orthofinder聚类结果进行基因家族扩增与收缩分析。 在这里我们已经 得到了四个结果文件summary_pub.txt...
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【软件填坑日记】服务器安装OrthoFinder
OrthoFinder 鉴定直系同源基因，构建物种树的神器，今天在服务器安装了一次，踩了好多个坑，终于安装上了。 安装方法 conda: con...
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WGD（全基因组复制）分析——Ka/Ks及4Dtv值计算一、4Dtv（四倍简并位点颠换率）的定义 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative)...
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Di...
专题公告
基因家族OrthoFinder
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