背景：qiime artifact 是用于存储qiime2的输入输出以及相关的元数据，并提供结果是如何产生的信息，但是qiime2所产生的art...
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qiime2R包整合qiime2和R可视化分析16s数据
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组间差异分析神器-STAMP在微生态研究中，当我们做完16S或宏基因组测序等多样性测序后，想找出不同处理组之间差异物种或差异基因，一般常用的组间差异分析metastats（...
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qiime1进行可视化绘图1.进行群落组成分析 mkdir taxa_sum_plotsummarize_taxa_through_plots.py -i otu_tab...
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16S测序分析（三）用LEfSe寻找组间差异细菌导读 前面已经介绍了获取菌属相对丰度表的方法，以及多样性分析中的基本概念和计算方法。接下来将开始介绍一种寻找组间差异细菌的常用方法LEfSe。L...
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大概是16S从实验到数据分析最全流程了吧原文：https://www.sohu.com/a/270075112_99971433[https://www.sohu.com/a/2700...
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扩增子分析：qiime2平台全流程分析Amplicon sequencing analysis pipeline through qiime2 platform qiime2是扩增子...
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QIIME2流程分析
官网： https://docs.qiime2.org/2019.7/ 参考过的几篇笔记： https://www.jianshu.com/p/...
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扩增子测序
扩增子测序数据分析 fq.gz --- >vcf fq1=2fq1_clean=4sample=$5adapter1='AGATCGGAAGA...
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Qiime2 (三)-DADA2降噪（Denoise）流程Dada 2 流程 DADA2数据处理不以序列相似度聚类，只进行去重（或相当于以100%序列相似度聚类），生成的是以ASV为单元的表格；Vsea...
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使用ggplot2绘制菌群组成堆叠图堆叠图主要看不同菌群在该样本中的相对比例，把每个样本的情况或者每个处理组的情况展示出来，可以大致看出样本的重复性好坏和不同处理间的某些菌群变化趋...
专题公告
微生物分析
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