随着测序技术的发展及新的组装工具的不断开发应用，基因组denovo测序及组装进入了Genomic2.0时代，我认为Genomic2.0时代的标志...
投稿
收录了20篇文章 · 2人关注
-
单倍体组装工具Hifiasm简介及基本运行命令(一) -
用BEDtools/Python序列截取在用MEME-chip进行模体搜索时，需要将fasta格式的文件上传，而上传的数据又必须是大于50bp且等长的序列，这个时候就要对数据进行序列截...
-
hifiasm对HiFi PacBio进行组装hifiasm是一个能有效利用PacBio HiFi测序技术，在分型组装图(pahsed assembly gprah)中可靠的表示单倍体信息的...
-
利用参考基因组将contig组装到scaffold
软件工具RagTag github主页 https://github.com/malonge/RagTag[https://github.com...
-
LTR-RTs的鉴定,LAI值的计算LAI是一种新的评估基因组组装质量的评价标准。LTR讲解[https://www.jianshu.com/p/a93cdbc36339]部分转载...
-
TE 注释工具EDTA的安装及使用EDTA（Extensive de novo TE Annotator）是一个可以从头注释全基因组中的TE并且评估已有TE库注释优劣的工具包。该...
-
四种获取fasta序列长度的方法在处理fasta序列的时候，我们经常需要获取每一条fasta序列的长度。今天小编就跟大家来分享四种获取fasta序列长度的方法。 一、awk 输...
-
EDTA | TE 注释工具
https://www.baidu.com/s?wd=EDTA%20%20%20LTR&rsv_spt=1&rsv_iqid=0xf6737f5...
-
使用EDTA进行TE注释
一句话评价：重复序列注释用EDTA就完事了。 简介 EDTA, 全称是 Extensive de-novo TE Annotator, 一个综合...
-
第三天：软件安装1. RepeatMasker安装 功能：重复序列屏蔽（已知什么序列是重复序列了） (1) 准备工作 利用conda安装rmblast trf软...
专题公告
基因组相关
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1960767/crop1627873624414.jpg', '推荐专题《基因组》（ 分享自 @简书 ）','https://jianshuapi.com/c/61cde0f493c8?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}