适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主...
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四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06 -
R语言的稀疏矩阵太大可能就不能用as.matrix了
一个很大的矩阵， 320127 行, 8189列，假如用一个全为0的普通矩阵来存储，需要用到9.8Gb 这里的0L表示数据类型是integer...
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SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型
在2019/08/07的Nature刊中，中科院景乃禾课题组发表了文章——Molecular architecture of lineage a...
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单细胞转录组高级分析二：转录调控网络分析
SCENIC简介 组织内细胞异质性的基础是细胞转录状态的差异，转录状态的特异性又是由转录因子主导的基因调控网络（GRNs）决定并维持稳定的。因此...
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SCENIC—Single Cell rEgulatory Network Inference and ClusteringSCENIC是一种基于单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具 这里介绍的步骤方法是针对在R环境中（GENIE3），主要是...
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跟着Nature学作图：R语言ggplot2箱线图、小提琴图、抖动散点图论文是 Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch populati...
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跟着 Cell 学作图 | 3.箱线图+散点+差异显著性检验跟着 Cell 学作图 | 3.箱线图+散点+差异显著性检验 “实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。” DOI: 10.1...
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AUCell:单细胞转录组中识别每一个细胞对某个通路的富集程度AUCell：能够看出某个通路在细胞中的激活情况，在文章中可以用于差异比较，即这个通路多数在巨噬细胞中激活，而在其他细胞群中不激活 1.R包的下...
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AUCell：在单细胞转录组中识别细胞对“基因集”的响应使用AUCell识别单细胞rna数据中具有活性“基因集”(i.e. gene signatures)的细胞。AUCell使用“曲线下面积”(Ar...
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了解AUCell 2022-06-20AUCell 允许在单细胞 RNA-seq 数据中识别具有活性基因集（例如特征、基因模块……）的细胞。AUCell 使用“曲线下面积”（AUC）...
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