上一篇介绍了使用ChIPseeker对peaks的分布和邻近基因的注释。除此之外，下游分析通常还包括鉴定我们感兴趣的蛋白质结合的motif；鉴定...
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第8篇：用网页版工具做功能分析和motif分析 -
MACS2 Call Peak 参数详细学习
随着测序技术的进步，染色质免疫沉淀技术被广泛用于研究全基因组蛋白-DNA互作。macs 基于一种新的模型可以很好的识别转录因子结合位点。macs...
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第7篇：用Y叔的ChIPseeker对peaks进行注释和可视化上一步骤（第6篇：重复样本的处理——IDR）用IDR对重复样本peaks的一致性进行了评估，同时得到了merge后的一致性的peaks——sam...
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第9篇：差异peaks分析——DiffBind学习目标 学习用DiffBind流程评估两个样本间的差异结合区域 用PCA评估样本间的关系 评估不同工具得到的差异peaks的一致性 评估差异p...
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R包SCENIC:结果可视化与分析
1.鉴定细胞状态 以t-SNE图呈现AUC评分和TF表达情况（即调控元件的活动度） 利用AUC 交互app（Scope） logMat <- e...
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R包SCENIC:安装
SCENIC:Single Cell rEgulatory Network Inference and Clustering 目前支持分析的物种...
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R包SCENIC：分析流程
GRN：基因调控网络 分为四步进行GRN分析 1.GENIE3/GRNBoost：基于共表达情况鉴定每个TF的潜在靶点; 过滤表达矩阵并运行R包...
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bedtools提取fasta
bedtools getfasta -fi /media/shen/6a524d78-97d1-481c-b068-8116a4d007f8/s...
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单细胞转录组测序分析--再说Seurat上期我们讲了使用Seurat分析单个样本，那么2个或多个样本的分析会有哪些不同呢？单细胞转录组数据中一个重要的问题就在于批次效应，任何一个试验步...
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主要转录因子数据库
TRANSFAC 数据库 有两个版本，公开版和专业版 JASPAR数据库 JASPAR是收集有关转录因子与DNA结合位点模体的最全面的公开的数据...
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