●可变剪切（differential splicing）也叫做选择性剪切alternative splicing, 指的是在mRNA前体到成熟m...
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转录组----可变剪接分析-rMATs -
转录组分析--FPKM与TPM
counts矩阵的构建 FPKM/RPKM (Fragments/Reads Per Kilobase Million ) 每千个碱基的转录每...
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转录组分析--基于TPM的PCA及相关性分析
Spearman相关性分析 使用TPM值 PCA 使用TPM值
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转录组--STAR比对（可用于差异分析、可变剪接分析和call_SNP）
1 建索引 2 比对(若用于GATK，可不排序输出sam文件) 1)常规比对（一次2个吧, 用于差异分析） 2-pass模式（用于RNA数据的G...
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转录组分析（三）--GO及KEGG富集分析及可视化（包括条形图及气泡图）（对差异基因的可视化）
GO分析（上下调基因分开做，可用于BP,CC,MF分开画图） GO分析（上下调一起做，强烈推荐，可以看整体结果，并可选取其中的部分画图） GO ...
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2022.06.25 | 转录组分析（二）--差异分析DeSeq（将服务器中的结果文件下载到本地，在R中操作）
DESeq2进行差异分析 1 ###数据读入和处理 2 #### dds矩阵的创建 #### 3 ### DESeq2进行差异分析 #####...
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2022.06.25 | 转录组分析(一)--hisat2+featurecounts（也就是在服务器中的操作）
1 ###文件下载 2 ## 循环把下载的所有sra文件都变为fastq(双端测序数据) 3 ### fastp质量控制 4 ###参考基因组下...
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